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三百烦恼风

银虫 (小有名气)

[求助] autodock对接clusting聚类图，能量分布很广，很均匀，没有主要构象

对接了50次，大概有十几个能量，分布得特均匀，没有主要构象。这是为啥？是我对接过程有问题，还是小分子药物根本没有抑制效果？

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人丑就要多读书
1楼2018-01-15 12:56:58
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longdlut

捐助贵宾 (著名写手)
很正常，换盒子参数，或增加次数对接

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2楼2018-01-16 07:29:55
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三百烦恼风

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by longdlut at 2018-01-16 07:29:55
很正常，换盒子参数，或增加次数对接

盒子参数指的是grid box 的大小吗？我设置的是包含原配体位置，盒子设置的90，90，90。是不是太大了不好。

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人丑就要多读书
3楼2018-01-16 16:06:12
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longdlut

捐助贵宾 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 三百烦恼风 at 2018-01-16 16:06:12
盒子参数指的是grid box 的大小吗？我设置的是包含原配体位置，盒子设置的90，90，90。是不是太大了不好。
...

嗯太大了吧，可以调整一下

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4楼2018-01-17 09:23:08
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三百烦恼风

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by longdlut at 2018-01-17 09:23:08
嗯太大了吧，可以调整一下
...

嗯嗯，谢谢。我还想问下，如果最低能量构象并不是clusting聚类中次数最多的构象，那该选择哪个作为对接能量？

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人丑就要多读书
5楼2018-01-17 21:23:54
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longdlut

捐助贵宾 (著名写手)
我会选择最低能量的构象进行分析，能量越低越稳定的，法则

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三百烦恼风
6楼2018-01-17 21:47:24
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hclwonder

新虫 (正式写手)
问题是能量算得不怎么准

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7楼2018-01-17 22:56:17
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三百烦恼风

银虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by longdlut at 2018-01-17 21:47:24
我会选择最低能量的构象进行分析，能量越低越稳定的，法则

多谢！！但是如果对接50次，能量低的构象只有1次，而能量高一些的构象有20多次，依旧选能量低的构象吗？

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8楼2018-01-23 21:44:38
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