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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 求助，autodock4金属酶如何处理？？急！！！！！
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fmh1221

铁虫 (初入文坛)

[求助] 求助，autodock4金属酶如何处理？？急！！！！！ 已有2人参与

我用的是酪氨酸酶，活性中心有两个Cu离子，之前实验室的师兄师姐做的酶金属离子不在活性中心，他们是直接在pdb文件中删掉的金属离子。但是我不知道我这样删掉是否正确？我看到以前的帖子中，有人回复说要在源文件中修改金属离子的参数。想知道这样做的目的以及如何操作。求大神解答。
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1楼 2016-02-24 22:13:47
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药物设计

捐助贵宾 (小有名气)

BioMS.org

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
如果不在活性位点，不影响你的对接结果，你师兄们做的是对的，请直接删除就好！
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2楼2016-02-24 23:38:50
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fmh1221

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 药物设计 at 2016-02-24 23:38:50
如果不在活性位点，不影响你的对接结果，你师兄们做的是对的，请直接删除就好！

可是我的金属在活性位点，应该删掉吗
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3楼2016-02-25 08:40:42
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by fmh1221 at 2016-02-25 08:40:42
可是我的金属在活性位点，应该删掉吗...

如若金属离子在活性位点，就需要增加金属离子的参数
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4楼2016-03-03 09:30:49
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