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南宫瑾

新虫 (小有名气)

[求助] 基因blast 已有2人参与

我测序后的基因2000多bp ,blast不出来是怎么个情况，求指导

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1楼 2016-02-23 23:06:09
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fjtony163

版主 (文坛精英)

米米

优秀版主优秀版主优秀版主优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
ncbi的数据库不一定包括了全部 基因的variation很多的 另外看你有没有选对数据库
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南宫瑾
2楼2016-02-24 07:56:50
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renzhiq

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你的基因测序2000？你用你的基因去blast,去掉引物部分，再搜索！另外，看看中间有没有内含子，如有就一个ORF一个的搜索！

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南宫瑾
3楼2016-02-24 09:28:02
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南宫瑾

新虫 (小有名气)
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3楼: Originally posted by renzhiq at 2016-02-24 09:28:02
你的基因测序2000？你用你的基因去blast,去掉引物部分，再搜索！另外，看看中间有没有内含子，如有就一个ORF一个的搜索！

我是先blast之后设计引物做RT-PCR，不知道基因的引物，由于初接触分子，不太明白，求赐教

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4楼2016-02-24 09:50:47
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南宫瑾

新虫 (小有名气)
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引用回帖:
2楼: Originally posted by fjtony163 at 2016-02-24 07:56:50
ncbi的数据库不一定包括了全部 基因的variation很多的 另外看你有没有选对数据库

我的基因在ncbi上没有数据库

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5楼2016-02-24 09:52:14
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renzhiq

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 南宫瑾 at 2016-02-24 09:50:47
我是先blast之后设计引物做RT-PCR，不知道基因的引物，由于初接触分子，不太明白，求赐教
...

你说的情况太正常了，非特异扩增……

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6楼2016-02-24 23:13:30
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南宫瑾

新虫 (小有名气)
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6楼: Originally posted by renzhiq at 2016-02-24 23:13:30
你说的情况太正常了，非特异扩增……
...

那有什么解决办法吗？？？

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7楼2016-02-24 23:16:20
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renzhiq

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by 南宫瑾 at 2016-02-24 23:16:20
那有什么解决办法吗？？？
...

引物是特异引物还是非特异？是特异的话建议提高退火温度试试……

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8楼2016-02-24 23:24:37
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南宫瑾

新虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by renzhiq at 2016-02-24 23:24:37
引物是特异引物还是非特异？是特异的话建议提高退火温度试试……
...

我是要做RTPCR的，没有blast出结果，所以没法设计引物

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9楼2016-02-24 23:32:02
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renzhiq

木虫 (小有名气)
我说的是你用来扩增2000bp条带的引物

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10楼2016-02-25 00:06:00
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