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longwei1221

铁虫 (小有名气)

[求助] CSD下载的cif文件用MS画图氢原子太多是怎么回事? 已有1人参与

如题。我在剑桥的CSD下载了SI型甲烷水合物的cif文件,但是用MS建模画图出来显示每个甲烷有12个氢原子,每个水分子则有4个氢原子,不知道怎么回事,如何理解啊?在线求解答!附上图和cif文件,红色的就是氧原子,四个角上就是甲烷分子,可见每个C原子对应12个H原子

CSD下载的cif文件用MS画图氢原子太多是怎么回事?
甲烷水合物的MS画图.png
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愿得一人心,白首不相离
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zyj8119

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
longwei1221: 金币+20, 有帮助, 那怎么解决这个问题呢? 2016-02-28 07:45:51
你这个是因为衍射过程中晶体有对称性,导致衍射数据重复而生成的图。
好好学习,天天向上。
2楼2016-02-24 14:25:26
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qw7706885er

金虫 (小有名气)

我想问下楼主真的要一个个手动删除么
6楼2016-04-01 12:09:53
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longwei1221

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 浅爱123 at 2016-04-18 22:08:27
请问楼主是怎么下载的SI型甲烷水合物cij文件呢,可以下载到SII型甲烷水合物的吗

我不确定,在CSD里面就找到这个结构的
愿得一人心,白首不相离
8楼2016-07-26 19:25:24
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longwei1221

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
19楼: Originally posted by 11821973012 at 2017-03-21 23:21:57
则么确定要删的原子呢,对于这个晶体结构完全不懂
...

make p1后,界面看起来没有什么变化,但是再选择自动加氢后,自动就变为正常的结构了,氢原子回到正确值
愿得一人心,白首不相离
21楼2017-07-06 13:18:32
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普通回帖

longwei1221

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zyj8119 at 2016-02-24 14:25:26
你这个是因为衍射过程中晶体有对称性,导致衍射数据重复而生成的图。

谢谢!那请问这个怎么解决呢?
愿得一人心,白首不相离
3楼2016-02-28 07:45:17
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zyj8119

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by longwei1221 at 2016-02-28 07:45:17
谢谢!那请问这个怎么解决呢?...

在MS里去掉对称性,自己慢慢删除。
好好学习,天天向上。
4楼2016-02-28 19:40:02
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

build symmetry makeP1,去掉对称性之后删掉多余的原子

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

#有问题发论坛,不接受私聊#爱晶体,爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
5楼2016-02-29 09:13:11
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浅爱123

新虫 (初入文坛)

请问楼主是怎么下载的SI型甲烷水合物cij文件呢,可以下载到SII型甲烷水合物的吗
7楼2016-04-18 22:08:27
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longwei1221

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by pigrass at 2016-02-29 09:13:11
build symmetry makeP1,去掉对称性之后删掉多余的原子

要怎样删呀?我不确定删除哪些呀?
愿得一人心,白首不相离
9楼2016-07-26 19:26:13
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23秒,32年

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
9楼: Originally posted by longwei1221 at 2016-07-26 19:26:13
要怎样删呀?我不确定删除哪些呀?...

请问楼主后来是怎么解决的,我也遇到了同样的问题,卡在这里好久了,如果去掉对称性再自动加氢,好像生成的不是笼形结构
10楼2016-10-26 15:16:07
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