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longwei1221

铁虫 (小有名气)

[求助] cif文件用MS画图氢分子太多,在线等求解 已有2人参与

我用剑桥那个数据库下载了甲烷水合物的CIF文件,但是为何MS画图出来氢分子那么多呢?好像每个水分子都是有4个氢,每个甲烷分子貌似有12个氢,大家帮忙看看到底怎么回事吧,谢谢啦!在线等待中!

cif文件用MS画图氢分子太多,在线等求解
甲烷水合物的MS画图.png
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愿得一人心,白首不相离
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lintonlin332

木虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引用回帖:
2楼: Originally posted by longwei1221 at 2016-02-23 14:48:51
那个图中红色是氧原子,八个角落的就是甲烷分子,但是每个碳原子对应有12个氢了,明显有问题。而每个红色的氧原子对应也有四个氢,不知道如何解释

你要把文獻title and 出處貼出?戆伞_@樣才有人幫到你

发自小木虫IOS客户端
3楼2016-02-24 02:57:31
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longwei1221

铁虫 (小有名气)

那个图中红色是氧原子,八个角落的就是甲烷分子,但是每个碳原子对应有12个氢了,明显有问题。而每个红色的氧原子对应也有四个氢,不知道如何解释
愿得一人心,白首不相离
2楼2016-02-23 14:48:51
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longwei1221

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 月只蓝 at 2016-02-24 09:11:48
自己下载的cif文件导入到MS中,首先要检查导入的晶体空间群是否正确。
经常遇到从数据库导出的cif文件,导入到MS中空间群错误的问题,使得导入的晶胞结构看起来不符合实际。
如果检查发现空间群错误,界面顶端Bui ...

我按照你说的去重新设置,我看空间群没有问题,应该还是cif文件里面氢原子本身多了,不知道为什么会这样,下载几个不同文献提供的cif文件都如此。而且还没有成键。我看到一个发表文章的建模就不是这样的。
cif文件用MS画图氢分子太多,在线等求解-1
甲烷水合物文献图.png

愿得一人心,白首不相离
5楼2016-02-24 10:55:51
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于知33

新虫 (初入文坛)

大神,我也对此感兴趣,可否把模型发我看看,十分感谢,谢谢啦!邮箱yufans33@163.com

发自小木虫Android客户端
7楼2018-04-02 15:07:34
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