应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 其他 » 最小能量路径搜索软件MEPsearcher发布
121/2返回列表12下一页
查看: 2940  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

chenxin1992

银虫 (正式写手)

[交流] 最小能量路径搜索软件MEPsearcher发布 已有4人参与

简介

MEPsearcher基于string计算方法，用于搜索二维全局离散势能面上的能量最小路径Mminimun Energy Path(MEP),通常MEP可以完整揭示反应机理。过渡态、活化能等信息可以从MEP中获取。能量最低路径的搜索可以利用于蛋白质折叠、化学反应、相变等过程的机理研究。

下载地址: https://github.com/chenxin199261/MEPSearcher
具体信息请参考: http://chen-xin.tk/blog/index.php/archives/44/
------
使用方法
1. 准备文件

你只需要准备两个输入文件，势能面文件PES.data，初猜生成文件guess.data。

    势能面文件写成三列X Y Energy即可。可参考test文件夹中PES.data格式

    准备初始猜测需要对势能面有一定的直观感觉，给出起始点、终止点以及初猜珠子(beads)的个数。

2.参数设定

需要进入MEPsearcher.py中对参数进行设定，只有三个参数需要测定，分别是最大迭代次数，收敛限以及优化步长。

    最大迭代次数，Max_iter默认1000步，可以根据具体需要调大或者调小。

    收敛限，用与上次优化结果的距离差加和表示。Tol默认1e-5,beads过多，可以适当调小、调大这个值。

    优化步长值，h，是最速下降优化方法一个必需参数。这个值的设定麻烦些。过小导致优化缓慢，过大导致直接优化到势能面错误的区域。需要使用者反复调试。希望在下一个版本中，能启用其它不需要步长的优化方法。

3.运行

赋予MEPsearch.py执行权限

chmod +x MEPsearcher.py

直接运行

./MEPsearcher.py

计算过程每隔50步迭代，会打印在屏幕上。
运行结束后，产生out.data文件。
这个文件存储了MEP的最终结果。分三列表示，分别为:
X Y Energy

---------

运行结果

最小能量路径搜索软件MEPsearcher发布
Graph1.jpg
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

多孔材料

» 猜你喜欢
1楼 2016-02-19 15:44:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangz00

禁虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
本帖内容被屏蔽
2楼2016-02-19 17:03:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chenxin1992

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wangz00 at 2016-02-19 17:03:15
你好，请问你的图片的PES是解析的吧？有没有将这个程序用到真实的多维体系？

不是解析的，是离散的。
多维的可以，不过意义不大，因为多维没法作图。

可以做跟其他软件的接口，找到反应路径上结构，不过这个就是另一个问题了。
目前问题是优化算法写的不好，迭代收敛慢，调用gaussian，vasp之类的很耗时。正在改善
赞一下 回复此楼
3楼2016-02-19 19:04:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangz00

禁虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
本帖内容被屏蔽
4楼2016-02-19 19:47:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chenxin1992

银虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wangz00 at 2016-02-19 19:47:53
有时间会试一下，多谢分享...

我的是测试版本，只测试了几个势能面。
如果有使用不通的地方，可以随时联系我，我好改进他
赞一下 回复此楼
5楼2016-02-19 19:49:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

virtualzx

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
和一般string method的主要差别在哪里呢

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
6楼2016-02-20 14:04:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chenxin1992

银虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by virtualzx at 2016-02-20 14:04:19
和一般string method的主要差别在哪里呢

没有区别的。我的是string方法最简单的实现，最速下降加上差值重分布。

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
7楼2016-02-21 17:02:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

virtualzx

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
一定要点阵输入吗？高维度体系不大现实啊

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
8楼2016-02-22 01:05:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chenxin1992

银虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by virtualzx at 2016-02-22 01:05:48
一定要点阵输入吗？高维度体系不大现实啊

是的，高纬度也没有什么好办法。解析的表达式改改程序就可以

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
9楼2016-02-22 15:59:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hkhtlxf

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
内容已删除
回复此楼
10楼2018-05-08 18:23:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 chenxin1992 的主题更新
121/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 求计算机方向调剂 +3 Toffee2 2026-04-16 6/300 2026-04-19 22:37 by ll叶
[考博] 湖南大学刘巧玲课题组2026年第二批次博士研究生招生信息 +3 南风观火 2026-04-18 3/150 2026-04-19 21:44 by 淡雅人生27
[考研] 26药学专硕105500求调剂 +7 喽哈加油 2026-04-13 8/400 2026-04-19 20:21 by Equinoxhua
[考研] 294求调剂 +8 淡然654321 2026-04-17 9/450 2026-04-19 19:51 by Equinoxhua
[考研] 求调剂推荐 +9 小聂爱学习 2026-04-14 9/450 2026-04-19 17:03 by 中豫男
[考研] 085404 22408 309分求调剂 +10 lzmk 2026-04-14 11/550 2026-04-19 16:42 by 中豫男
[考研] 求调剂 +6 苦命人。。。 2026-04-18 7/350 2026-04-19 16:27 by 中豫男
[论文投稿] 有没有接收比较快的sci期刊呀，最好在一个月之内的，研三孩子求毕业 20+4 之护着 2026-04-16 6/300 2026-04-19 13:00 by Aaron_zyn
[考研] 327求调剂 +27 Xxjc1107. 2026-04-13 30/1500 2026-04-19 08:22 by cuisz
[考研] 300求调剂 +12 橙a777 2026-04-15 12/600 2026-04-18 23:51 by 路病情
[考研] 生物学调剂 +10 纸扇zhishan 2026-04-13 10/500 2026-04-18 21:19 by zqndavala
[考研] 接受任何调剂 +6 也就是栗子 2026-04-17 7/350 2026-04-18 17:20 by 涵竹刘
[考研] 297，工科调剂? +5 河南农业大学-能 2026-04-14 5/250 2026-04-18 15:17 by Equinoxhua
[考研] 22408 312求调剂 +24 门路摸摸 2026-04-14 26/1300 2026-04-18 13:04 by wunaiy88
[考研] 急需调剂 +9 绝不放弃22 2026-04-15 10/500 2026-04-18 08:09 by chixmc
[考研] 295分求调剂 +5 ?要上岸? 2026-04-17 5/250 2026-04-17 16:51 by fenglj492
[考研] 一志愿沪9，生物学326求调剂 +9 刘墨墨 2026-04-15 9/450 2026-04-16 17:14 by 崔崔崔cccc
[考研] 药学求调剂 +14 喽哈加油 2026-04-14 16/800 2026-04-16 10:15 by beilsong20
[考研] 各位老师好，求调剂，本科211，一志愿天津大学生物与医药学硕，差两名录取。 +11 路六六jjj 2026-04-13 11/550 2026-04-14 16:01 by zs92450
[教师之家] 转长聘了 +7 简单化xn 2026-04-13 7/350 2026-04-14 14:50 by xindong
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭