24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
汕头大学海洋科学接受调剂
查看: 2920  |  回复: 11
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

chenxin1992

银虫 (正式写手)

[交流] 最小能量路径搜索软件MEPsearcher发布 已有4人参与

简介

MEPsearcher基于string计算方法,用于搜索二维全局离散势能面上的能量最小路径Mminimun Energy Path(MEP),通常MEP可以完整揭示反应机理。过渡态、活化能等信息可以从MEP中获取。能量最低路径的搜索可以利用于蛋白质折叠、化学反应、相变等过程的机理研究。

下载地址: https://github.com/chenxin199261/MEPSearcher
具体信息请参考: http://chen-xin.tk/blog/index.php/archives/44/
------
使用方法
1. 准备文件

你只需要准备两个输入文件,势能面文件PES.data,初猜生成文件guess.data。

    势能面文件写成三列X Y Energy即可。可参考test文件夹中PES.data格式

    准备初始猜测需要对势能面有一定的直观感觉,给出起始点、终止点以及初猜珠子(beads)的个数。

2.参数设定

需要进入MEPsearcher.py中对参数进行设定,只有三个参数需要测定,分别是最大迭代次数,收敛限以及优化步长。

    最大迭代次数,Max_iter默认1000步,可以根据具体需要调大或者调小。

    收敛限,用与上次优化结果的距离差加和表示。Tol默认1e-5,beads过多,可以适当调小、调大这个值。

    优化步长值,h,是最速下降优化方法一个必需参数。这个值的设定麻烦些。过小导致优化缓慢,过大导致直接优化到势能面错误的区域。需要使用者反复调试。希望在下一个版本中,能启用其它不需要步长的优化方法。

3.运行

赋予MEPsearch.py执行权限

chmod +x MEPsearcher.py

直接运行

./MEPsearcher.py

计算过程每隔50步迭代,会打印在屏幕上。
运行结束后,产生out.data文件。
这个文件存储了MEP的最终结果。分三列表示,分别为:
X Y Energy

---------

运行结果

最小能量路径搜索软件MEPsearcher发布
Graph1.jpg
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chenxin1992

银虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wangz00 at 2016-02-19 17:03:15
你好,请问你的图片的PES是解析的吧?有没有将这个程序用到真实的多维体系?

不是解析的,是离散的。
多维的可以,不过意义不大,因为多维没法作图。

可以做跟其他软件的接口,找到反应路径上结构,不过这个就是另一个问题了。
目前问题是优化算法写的不好,迭代收敛慢,调用gaussian,vasp之类的很耗时。正在改善
3楼2016-02-19 19:04:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答

wangz00

禁虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
本帖内容被屏蔽

2楼2016-02-19 17:03:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chenxin1992

银虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by wangz00 at 2016-02-19 19:47:53
有时间会试一下,多谢分享...

我的是测试版本,只测试了几个势能面。
如果有使用不通的地方,可以随时联系我,我好改进他
5楼2016-02-19 19:49:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

virtualzx

木虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
和一般string method的主要差别在哪里呢

发自小木虫IOS客户端
6楼2016-02-20 14:04:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿华南理工大学331分材料求调剂 +10 天下ww 2026-04-09 11/550 2026-04-13 23:25 by pies112
[考研] 材料工程085601,270求调剂 +39 @ASDF1234 2026-04-08 42/2100 2026-04-13 22:25 by pies112
[考研] 22专硕求调剂 +8 haoyun上岸 2026-04-11 10/500 2026-04-13 22:15 by zhq0425
[考研] B区0809 ,数一英一,290 求调剂 +3 泠潍1111 2026-04-12 4/200 2026-04-13 20:35 by 学员JpLReM
[考研] 求调剂 +11 何气正 2026-04-13 12/600 2026-04-13 20:14 by 学员JpLReM
[考研] 一志愿西交机械专硕求调剂 +9 求上岸的小王 2026-04-10 9/450 2026-04-13 16:08 by jiangguiquan11
[考研] 297工科,求调剂? +13 河南农业大学-能 2026-04-12 13/650 2026-04-13 14:12 by dingyanbo1
[考研] 266调剂 +10 daya sun 2026-04-07 11/550 2026-04-13 10:12 by fenglj492
[考研] 211本科材料化工求调剂 +17 YHLAH 2026-04-11 20/1000 2026-04-13 08:46 by Sammy2
[考研] 一志愿郑州大学 22408 305分求调剂 +5 安小满zzz 2026-04-08 5/250 2026-04-12 00:41 by 蓝云思雨
[考研] 药学305求调剂 +8 玛卡巴卡boom 2026-04-10 8/400 2026-04-12 00:07 by zhouwenxian
[考研] 291分调剂 +5 上岸小莹加油 2026-04-09 6/300 2026-04-11 21:06 by 逆水乘风
[考研] 086003调剂求助 +21 苏弋万 2026-04-09 22/1100 2026-04-11 20:25 by dongdian1
[考研] 求调剂 +11 翩翩一书生 2026-04-09 11/550 2026-04-11 19:57 by 逆水乘风
[考研] 调剂 +4 电气300求调剂不 2026-04-08 7/350 2026-04-11 10:44 by 紫曦紫棋
[考研] 298求调剂 +9 钉叮咚冬瓜 2026-04-07 11/550 2026-04-11 09:35 by zhq0425
[考研] 085506-求调剂-285分 +3 雷欧飞踢 2026-04-08 3/150 2026-04-11 08:37 by zhq0425
[考研] 309求调剂 +14 wdhw 2026-04-10 15/750 2026-04-10 21:06 by zhouxiaoyu
[考研] 一志愿华东师范生物学326分,求调剂 +8 刘墨墨 2026-04-09 8/400 2026-04-10 12:00 by pengliang8036
[考研] 085404,285分求调剂 +12 薇薇考研 2026-04-07 14/700 2026-04-09 23:10 by parmtree
信息提示
请填处理意见