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fruitbug

新虫 (初入文坛)

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[交流] 求助：AFLP的选扩片段太小

最近做AFLP很郁闷，一直是选扩产物片段太小，大多小于100BP，不知道什么原因。预扩增产物，琼脂糖检测都是还可以，在200——700BP有弥散带。选扩后，就只有，100BP以下有。做了好几个月了，都这样！那位大侠能帮帮我

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1楼 2008-10-07 19:22:10

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fruitbug

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请问楼上的

我有时候选扩能扩的很好。另外，您的接头浓度是多少的？

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3楼2008-10-08 12:29:13

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lovebaby

铜虫 (小有名气)

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100bp以下的应该是引物二聚体吧，你预扩的带亮不亮?是不是选扩引物不大合理?或者是扩增条件需要优化?我以前预扩带很弱，选扩几乎全部是引物二聚体，很郁闷，最后发现是连接接头浓度用的不合理。预扩能出带不一定没有问题，建议楼主从头找原因

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2楼2008-10-08 11:28:16

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fruitbug

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选扩不是很亮，是弥散带

这次扩出的带是100BP的了，选扩带不是很亮，弥撒型的。现在正在优化反应体系和条件，希望能找出问题

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4楼2008-10-08 12:31:33

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