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fruitbug

新虫 (初入文坛)

[交流] 求助:AFLP的选扩片段太小

最近做AFLP很郁闷,一直是选扩产物片段太小,大多小于100BP,不知道什么原因。预扩增产物,琼脂糖检测都是还可以,在200——700BP有弥散带。选扩后,就只有,100BP以下有。做了好几个月了,都这样!那位大侠能帮帮我
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lovebaby

铜虫 (小有名气)

100bp以下的应该是引物二聚体吧,你预扩的带亮不亮?是不是选扩引物不大合理?或者是扩增条件需要优化?我以前预扩带很弱,选扩几乎全部是引物二聚体,很郁闷,最后发现是连接接头浓度用的不合理。预扩能出带不一定没有问题,建议楼主从头找原因
2楼2008-10-08 11:28:16
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fruitbug

新虫 (初入文坛)

请问楼上的

我有时候选扩能扩的很好。另外,您的接头浓度是多少的?
3楼2008-10-08 12:29:13
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fruitbug

新虫 (初入文坛)

选扩不是很亮,是弥散带

这次扩出的带是100BP的了,选扩带不是很亮,弥撒型的。现在正在优化反应体系和条件,希望能找出问题
4楼2008-10-08 12:31:33
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