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dreamfly_ykf木虫 (正式写手)
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nvt模拟要求表示压力，如何回答？
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如题，使用nvt模拟了一个晶体，审稿人问题如下： If the NVT runs were production run, please show the pressure variation during simulation run as supporting information 做模拟的都知道压力波动很大，尽管输出文件中有压力值，基本上都是在几百Mpa波动，和实验值是相差很大的 要做图获得模拟期间压力的变化，这样结果很不好看，说不定审稿人又提出，压力和实际不符和等问题 请问有人发文章时候，被问及压力波动吗，如何回答啊。 |
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 分子动力学模拟 |
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2楼2016-02-02 16:46:16
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【答案】应助回帖
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dreamfly_ykf: 金币+20, ★★★很有帮助, 谢谢 2016-02-24 09:09:18
dreamfly_ykf: 金币+20, ★★★很有帮助, 谢谢 2016-02-24 09:09:18
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瞬时压力波动大是NVE/NVT模拟中很常见的现象，为了减小波动最有效的方法是增加体系尺寸，因为统计力学中涨落是和粒子数的平方根成反比的。 http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Pressure 这个问题之前在lammps mailing list里也有人问过，唯一的解决方法就是增加体系尺寸，你可以看看这个帖子及相关回帖 http://lammps.sandia.gov/threads/msg33152.html 如果你的体系比较小，那么瞬时压力波动大是再正常不过了。 你可以计算一下你的压力均值，看看跟设定值有多大差距。或者，可以像下面这张图，每隔一定步数（比如每100步）对压力取平均作图，如果这样计算出来的压力和你设定值差距不大就没问题。 http://www.bevanlab.biochem.vt.e ... zyme/07_equil2.html |
3楼2016-02-04 07:27:33
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