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dreamfly_ykf木虫 (正式写手)
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[求助]
nvt模拟要求表示压力,如何回答?
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如题,使用nvt模拟了一个晶体,审稿人问题如下: If the NVT runs were production run, please show the pressure variation during simulation run as supporting information 做模拟的都知道压力波动很大,尽管输出文件中有压力值,基本上都是在几百Mpa波动,和实验值是相差很大的 要做图获得模拟期间压力的变化,这样结果很不好看,说不定审稿人又提出,压力和实际不符和等问题 请问有人发文章时候,被问及压力波动吗,如何回答啊。 |
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分子动力学模拟 |
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lsloneil
专家顾问 (正式写手)
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【答案】应助回帖
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dreamfly_ykf: 金币+20, ★★★很有帮助, 谢谢 2016-02-24 09:09:18
dreamfly_ykf: 金币+20, ★★★很有帮助, 谢谢 2016-02-24 09:09:18
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瞬时压力波动大是NVE/NVT模拟中很常见的现象,为了减小波动最有效的方法是增加体系尺寸,因为统计力学中涨落是和粒子数的平方根成反比的。 http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Pressure 这个问题之前在lammps mailing list里也有人问过,唯一的解决方法就是增加体系尺寸,你可以看看这个帖子及相关回帖 http://lammps.sandia.gov/threads/msg33152.html 如果你的体系比较小,那么瞬时压力波动大是再正常不过了。 你可以计算一下你的压力均值,看看跟设定值有多大差距。或者,可以像下面这张图,每隔一定步数(比如每100步)对压力取平均作图,如果这样计算出来的压力和你设定值差距不大就没问题。 http://www.bevanlab.biochem.vt.e ... zyme/07_equil2.html |
3楼2016-02-04 07:27:33












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