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lisaisacat

新虫 (小有名气)

[交流] 求问baised DNA 是什么意思

在做DNA片段化,看文献经常看到酶切方法会导致biased sequencing library,不明白是个什么概念,求指导,我是学化学的,不懂这个
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lifechuteng

新虫 (小有名气)


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意思就是测序文库的偏差,不平衡。
我的理解是测序文库中各个片段的含量理想状态下是相当的,但是用酶切的方法会导致文库中某些片段更容易被测序,而另外一些则不容易被测到。
2楼2016-01-22 09:09:07
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jianguochen

新虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
楼主应该说的是测序文库偏向性,文库打断的方法有多种,比如超声打断,酶切打断。酶切打断的时候,酶识别的位点在DNA上并不是完全随机分布,就会造成测序偏向性。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

3楼2016-01-22 09:11:08
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lisaisacat

新虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by jianguochen at 2016-01-22 09:11:08
楼主应该说的是测序文库偏向性,文库打断的方法有多种,比如超声打断,酶切打断。酶切打断的时候,酶识别的位点在DNA上并不是完全随机分布,就会造成测序偏向性。

如果测序文库有偏向性会对测序造成什么影响呢?
4楼2016-01-22 09:30:47
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jianguochen

新虫 (小有名气)


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引用回帖:
4楼: Originally posted by lisaisacat at 2016-01-22 09:30:47
如果测序文库有偏向性会对测序造成什么影响呢?...

会造成一些区域测序深度比其他区域低,不利于分析或者浪费数据;或者造成一些区域没有覆盖。
5楼2016-01-25 09:46:02
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