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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体软件 » 【求助】画氢键
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芭比YD

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】画氢键

求大神帮忙如何用DIAMOND画氢键

[ Last edited by sty112 on 2016-1-20 at 10:54 ]
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1楼 2016-01-20 10:49:24
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芭比YD

新虫 (初入文坛)
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2楼: Originally posted by jackdeng at 2016-01-21 11:26:14
很简单，将得到的cif文件中的氢键键长和键角表中的最大和最小值分别输入到diamond软件build--create H-bonds中对映的位置，然后选好氢键给体和受体，点击OK就可以了。

老师你说的我看懂了 但是我发现我的晶体有点错误 我的化合物结晶水可以形成氢键 但是该结晶水的氢有问题 氢原子不被接受怎么办啊 请老师帮助我
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3楼2016-01-22 13:55:11
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芭比YD

新虫 (初入文坛)
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4楼: Originally posted by lich666 at 2016-01-22 14:02:35
那就先修好再画图...

老师我已经修了好多次还是有问题 有一个结晶水怎么加氢都不可以  老师我能力有限你可以告诉我怎么办吗
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5楼2016-01-22 14:06:34
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芭比YD

新虫 (初入文坛)
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6楼: Originally posted by jackdeng at 2016-01-22 14:34:08
用wingx加氢试试...

wingx是个软件吗  我们组没用过
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7楼2016-01-22 15:10:03
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芭比YD

新虫 (初入文坛)
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8楼: Originally posted by jackdeng at 2016-01-22 16:02:01
是的，如果没有，你也可以根据氢键形成的取向，用理论加氢

老师理论加氢我也试过了 而且我还尝试了看结晶水周围的环境 把合理的q峰命名为氢 虽然这个错误没有了  但是氢键的形成方向就不对了 老师您看我应该怎么办呢
B
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PLAT420_ALERT_2_B D-H Without Acceptor       O17    --  H17D   ...     Please Check
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9楼2016-01-22 16:12:36
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芭比YD

新虫 (初入文坛)
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10楼: Originally posted by jackdeng at 2016-01-22 16:16:37
不一定所有的化合物中的氢原子都能形成氢键，有的时候为了避免两个氢原子之间的距离过短，形成不了氢键也是可以的

老师我这个化合物是二维的  想利用氢键增加维数
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11楼2016-01-22 16:19:25
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芭比YD

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
10楼: Originally posted by jackdeng at 2016-01-22 16:16:37
不一定所有的化合物中的氢原子都能形成氢键，有的时候为了避免两个氢原子之间的距离过短，形成不了氢键也是可以的

老师我这个化合物是二维结构  想利用氢键增加维数
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12楼2016-01-22 16:23:38
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芭比YD

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
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13楼: Originally posted by jackdeng at 2016-01-22 17:12:35
如果氢键是合理的，你可以用来增加维数，但如果不合理的话，是没有任何意义的

老师我的化合物有两个结晶水，其中一个结晶水可以形成层间氢键，但是另一个结晶水分子的氢键就有问题 老师您说我这种情况有没有更好的处理方法呢

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14楼2016-01-23 11:38:28
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