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吉米爱多

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] gromacs的mdp文件中,有一个periodic-molecules选项,选yes还是no?

这个选项选择yes和no的区别在哪里呢?
手册中说“for systems with molecules that couple to themselves through the periodic boundary conditions, this requires a slower PBC algorithm and molecules are not made whole in the output”。我体系中有一层矿物层,层内只有非键作用。这个矿物层是周期性的,如图,应该选择yes还是no呢?

gromacs的mdp文件中,有一个periodic-molecules选项,选yes还是no?
周期性分子.png
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