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吉米爱多铁杆木虫 (著名写手)
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[求助]
gromacs的mdp文件中，有一个periodic-molecules选项，选yes还是no？
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这个选项选择yes和no的区别在哪里呢? 手册中说“for systems with molecules that couple to themselves through the periodic boundary conditions, this requires a slower PBC algorithm and molecules are not made whole in the output”。我体系中有一层矿物层，层内只有非键作用。这个矿物层是周期性的，如图，应该选择yes还是no呢？  周期性分子.png |
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