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lybio

金虫 (正式写手)

[交流] 平端连接后鉴定方向的问题

实验中先用中间载体(载体中已连接一个基因片断,此基因片断中间有个酶切位点,酶切后与另一个DNA片断平端连接)上的引物P1、P4(即为已连接基因的 两端引物)和DNA片断引物P2、P3扩增质粒(六个菌液PCR为阳性的菌液中抽提的质粒),可得到预期片断(分别为3.0kb和1.0kb),验证了片断已经与载体连接上了。再通过载体的引物P1和片断的引物P3,以及片断引物P2和载体的引物P4分别扩增质粒,电泳结果用载体的引物P1和片断的引物P3都无P出条带,用片断引物P2和载体的引物P4扩增,四个质粒有条带,按常理说,只要有条带,不就证实连接方向正确嘛,如果连接方向不对,根本P不出条带。但问题是它们扩增的条带片断为0.9kb,不是预期片断大小2.0kb。想请教大伙出现这现象的原因,和其他鉴定方向的方法
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chenliang_0513

铁杆木虫 (职业作家)

提高退火温度看看吧
你用什么酶做的鉴定?r-taq?
最好用LA-taq
我本将心向明月,奈何明月照沟渠?
4楼2008-10-04 11:01:59
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秦廷

银虫 (初入文坛)

已经用载体的引物P1和片断的引物P3,就没有必要用片断引物P2和载体的引物P4扩增吧
要选也是P1和P3一对,加P1和P2一对
P1和P3扩不出来,那P2和P4也应该扩增不出来

扩增出的0.9kb条带是否是正常的明亮带,还是比较弱的暗带
2楼2008-10-03 19:46:45
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lybio

金虫 (正式写手)

相对P1,P4和P2,P3扩增出来的条带来说是弱的
请问如何能把图片直接贴在主题里,而不是附件的方式?
3楼2008-10-03 22:53:19
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秦廷

银虫 (初入文坛)

0.9KB是暗带可能是非特异的扩增
将片断引物p2和目的片断进行一下比对吧,应该是引物设计或者是PCR条件的问题,从而造成假阳性,提高退火温度应该就会是阴性了

象我上个回复说的换引物对,重新PCR,p1p2一对,再加p3p4一对
根据你以前的PCR结果,如果两组PCR都应该扩出阳性带,那在载体上相对位置应该是
--p1-p3-p2-p4--
5楼2008-10-04 19:37:50
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