| 查看: 140 | 回复: 1 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
[交流]
[求助]用g_energy得到的pressure.xvg文件问题
|
|||
|
在gromacs中，我用g_energy命令得到的压力随时间变化的数据，对于这结果我有两个问题： 1.在pressure.xvg文件中有两列数据，第一列是时间，第二列是压力值，那么这个压力值的单位是什么？bar？ 2. 在md.mdp文件中我设置的ref_p= 1.0，可是由下面这幅图看，压力值的偏差好像比较大，并且在执行g_energy命令时得到下面结果 Energy Average RMSD Fluct. Drift Tot-Drift ------------------------------------------------------------------------------- Pressure (bar) 7.84002 736.433 736.433 -0.000402568 -1.00642 压力值的平均值不是1，而同样的模拟得到的温度的变化的平均值就是我设定的380K，为什么压力的平均值不在1.0 atm？这是什么原因呢？还是我的设置有问题？下面是我的输入文件，请大家指教！谢谢！ ; md in vacuo ; ; Input file ; cpp = /usr/bin/cpp constraints = none integrator = md tinit = 0 dt = 0.001 nsteps = 2000000 init_step = 0 nstcomm = 1 nstxout = 1000 nstvout = 1000 nstfout = 1000 nstcheckpoint = 1000 ns_type = grid pbc = xyz rlist = 1.2 nstlist = 5 morse = no coulombtype = PME rcoulomb = 1.2 ; Spacing for the PME/PPPM FFT grid fourierspacing = 0.12 ; FFT grid size, when a value is 0 fourierspacing will be used fourier_nx = 0 fourier_ny = 0 fourier_nz = 0 pme_order = 4 vdw_type = Shift rvdw = 1.0 rvdw_switch = 0.9 DispCorr = EnerPres Tcoupl = berendsen tc-grps = System tau_t = 0.1 ref_t = 380 Pcoupl = berendsen Pcoupltype = isotropic tau_p = 1.0 compressibility = 4.5e-5 ref_p = 1.0 gen_vel = yes gen_temp = 380 gen_seed = 173529 [ Last edited by zzgyb on 2008-12-31 at 15:45 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
2026第二届光电子与半导体器件前沿技术研讨会——光电子赋能·半导体创芯！
已经有1人回复
-
光电子赋能·半导体创芯！
已经有1人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有225人回复
-
光电子赋能·半导体创芯！
已经有0人回复
-
QE计算电声耦合的时候报错Error in routine lambda (100)wrong or too many modes
已经有2人回复
-
帮导师招2026CSC博士（巴塞罗那自治大学UAB-CSC博士项目）
已经有25人回复
-
有没有LIMS客户的资源，求推荐
已经有0人回复
-
福州大学梁宇航副教授招收2026年申核制博士研究生/硕士研究生（理论计算方向）
已经有21人回复
-
福州大学梁宇航副教授招收2026年申核制博士研究生/硕士研究生（理论计算方向）
已经有20人回复
-
深圳理工大学招聘AI4Science与分子模拟方向科研人员
已经有0人回复
2楼2008-10-03 17:44:42