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[求助]用g_energy得到的pressure.xvg文件问题
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在gromacs中，我用g_energy命令得到的压力随时间变化的数据，对于这结果我有两个问题： 1.在pressure.xvg文件中有两列数据，第一列是时间，第二列是压力值，那么这个压力值的单位是什么？bar？ 2. 在md.mdp文件中我设置的ref_p= 1.0，可是由下面这幅图看，压力值的偏差好像比较大，并且在执行g_energy命令时得到下面结果 Energy Average RMSD Fluct. Drift Tot-Drift ------------------------------------------------------------------------------- Pressure (bar) 7.84002 736.433 736.433 -0.000402568 -1.00642 压力值的平均值不是1，而同样的模拟得到的温度的变化的平均值就是我设定的380K，为什么压力的平均值不在1.0 atm？这是什么原因呢？还是我的设置有问题？下面是我的输入文件，请大家指教！谢谢！ ; md in vacuo ; ; Input file ; cpp = /usr/bin/cpp constraints = none integrator = md tinit = 0 dt = 0.001 nsteps = 2000000 init_step = 0 nstcomm = 1 nstxout = 1000 nstvout = 1000 nstfout = 1000 nstcheckpoint = 1000 ns_type = grid pbc = xyz rlist = 1.2 nstlist = 5 morse = no coulombtype = PME rcoulomb = 1.2 ; Spacing for the PME/PPPM FFT grid fourierspacing = 0.12 ; FFT grid size, when a value is 0 fourierspacing will be used fourier_nx = 0 fourier_ny = 0 fourier_nz = 0 pme_order = 4 vdw_type = Shift rvdw = 1.0 rvdw_switch = 0.9 DispCorr = EnerPres Tcoupl = berendsen tc-grps = System tau_t = 0.1 ref_t = 380 Pcoupl = berendsen Pcoupltype = isotropic tau_p = 1.0 compressibility = 4.5e-5 ref_p = 1.0 gen_vel = yes gen_temp = 380 gen_seed = 173529 [ Last edited by zzgyb on 2008-12-31 at 15:45 ] |
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2楼2008-10-03 17:44:42