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韩旭辉

铜虫 (初入文坛)

[交流] FORCIET运行动力学后得到水分子的均方移动半径(MSD)线性回归很差! 已有3人参与

我用Forcite跑分子动力学出来的结果如下,为什么到最后斜率接近无穷了?我用Discover就没有这问题啊?
P.S.我用MS5.5

FORCIET运行动力学后得到水分子的均方移动半径(MSD)线性回归很差!
1.jpg
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NAFION
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Friday

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
discover和forcite确实有很大区别。。。现在8.0discover居然取消了。。。

发自小木虫Android客户端
2楼2016-01-15 20:43:27
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93953

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
看看系综,可以先跑平衡,再跑动力学试试
3楼2016-01-17 22:33:54
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韩旭辉

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 93953 at 2016-01-17 22:33:54
看看系综,可以先跑平衡,再跑动力学试试

系综先跑了NPT50ps又跑了NVT200ps,看温度是收敛了的,但是结果就这样了,我后来又跑了一遍NVT结果偏差更大了,是不是边界什么的问题啊?
NAFION
4楼2016-01-21 14:30:01
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韩旭辉

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by Friday at 2016-01-15 20:43:27
discover和forcite确实有很大区别。。。现在8.0discover居然取消了。。。

Discover 而且5.5版本退火特别麻烦要手动,太慢了所以想尽量用forcite模块
NAFION
5楼2016-01-21 14:31:37
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93953

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
我建的是晶体,是周期性边界条件了。时间跑长一点,如果你一直是往上走的话,就取稳定的一段分析看看呢,具体我也不清楚,没遇到过你这种问题,你可以再请教其他人看看

发自小木虫Android客户端
6楼2016-01-21 21:04:40
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小布1994

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
楼主,我想问你最后问题解决了没?我的也是这样的
7楼2016-04-06 11:25:30
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韩旭辉

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 小布1994 at 2016-04-06 11:25:30
楼主,我想问你最后问题解决了没?我的也是这样的

体系建的大了,没跑平衡,后来建了个小的体系就没有这类问题了
NAFION
8楼2016-04-25 20:54:41
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