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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » FORCIET运行动力学后得到水分子的均方移动半径（MSD）线性回归很差！
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韩旭辉

铜虫 (初入文坛)

[交流] FORCIET运行动力学后得到水分子的均方移动半径（MSD）线性回归很差！ 已有3人参与

我用Forcite跑分子动力学出来的结果如下，为什么到最后斜率接近无穷了？我用Discover就没有这问题啊？
P.S.我用MS5.5

FORCIET运行动力学后得到水分子的均方移动半径（MSD）线性回归很差！
1.jpg
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NAFION
1楼 2016-01-15 20:41:35
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Friday

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
discover和forcite确实有很大区别。。。现在8.0discover居然取消了。。。

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2楼2016-01-15 20:43:27
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93953

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
看看系综，可以先跑平衡，再跑动力学试试
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3楼2016-01-17 22:33:54
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韩旭辉

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 93953 at 2016-01-17 22:33:54
看看系综，可以先跑平衡，再跑动力学试试

系综先跑了NPT50ps又跑了NVT200ps,看温度是收敛了的，但是结果就这样了，我后来又跑了一遍NVT结果偏差更大了，是不是边界什么的问题啊？
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NAFION
4楼2016-01-21 14:30:01
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韩旭辉

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Friday at 2016-01-15 20:43:27
discover和forcite确实有很大区别。。。现在8.0discover居然取消了。。。

Discover 而且5.5版本退火特别麻烦要手动，太慢了所以想尽量用forcite模块
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NAFION
5楼2016-01-21 14:31:37
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93953

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我建的是晶体，是周期性边界条件了。时间跑长一点，如果你一直是往上走的话，就取稳定的一段分析看看呢，具体我也不清楚，没遇到过你这种问题，你可以再请教其他人看看

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6楼2016-01-21 21:04:40
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小布1994

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主，我想问你最后问题解决了没？我的也是这样的
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7楼2016-04-06 11:25:30
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韩旭辉

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 小布1994 at 2016-04-06 11:25:30
楼主，我想问你最后问题解决了没？我的也是这样的

体系建的大了，没跑平衡，后来建了个小的体系就没有这类问题了
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NAFION
8楼2016-04-25 20:54:41
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