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牧羊兰儿

新虫 (小有名气)

[交流] 如何确定一段基因序列的核心序列 已有3人参与

目前已知一种表达蛋白的全基因序列,想要用一种软件分析其核心序列,求助用什么软件?怎么分析

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大海一孤舟

铜虫 (小有名气)


西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2016-01-15 22:30:21
不理解你的核心序列是什么意思?
是蛋白对应的区域,还是说是重要的结构域区域;

如果是想分析基因的阅读框的话,NCBI 应该是有的。
结构域的分析,也可以使用NCBI-CDD分析
2楼2016-01-15 16:46:46
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jackyoung

新虫 (正式写手)

★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2016-01-15 22:30:35
最简单的直接blastp,跟interproscan之类的数据库是关联的,直接可以显示结构域和特征的基序。如果想要找同类的,可以用psi blast。

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CestLaVie
3楼2016-01-15 19:57:31
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bright8

铁杆木虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
核心序列是蛋白质的domain么?还是其他的,这个直接上ncbi预测就好啦!

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4楼2016-01-16 22:37:21
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