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淡如水

金虫 (正式写手)

[交流] 关于结构优化的问题

我有一个分子,大概300多个原子(种类只有C H O N),想仅仅进行一下优化,可是用gaussian03中半经验的方法如 pm3 am1 mindo cndo indo等方法都是没法进行,提示说UNABLE TO ACHIEVE SELF-CONSISTENCE,或者是 >>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
想请教一下,我该如何优化,或者选用其他软件?(MS 能做吗?)
谢谢大家!

[ Last edited by 淡如水 on 2008-10-2 at 09:21 ]
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淡如水

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by xjian2046 at 2008-10-2 13:34:
用GAUSS优化 这么大的好像不太合适吧。建议换别的软件。

如果初始结构构建的好的话,有没有可能优化呢?
当你再没有什么可以失去的时候,就是你开始得到的时候。
5楼2008-10-04 08:50:22
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查看全部 7 个回答

yytsnake

至尊木虫 (职业作家)


jghe(金币+1,VIP+0):谢谢参与讨论!
你的分子类似树枝状大分子,具有众多的稳定构象,从建模的角度看,含300个原子的支链分子很难作到初始结构位于稳定构象附近,所以直接优化是很难得到结果的。建议先进行分子动力学模拟,找到相对能量最低的构象,然后再进行优化。而且只能用半经验法(对PC机)。
2楼2008-10-02 11:18:20
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abbott

金虫 (著名写手)

不要用QQ问我东西

说的详细一点,最好把你的输入文件的route行以及报错的log文件都贴出来。

你现在写出来的信息,很难判定是哪里有问题。
Chemistry[]==[]Chem[]is[]try!!!
3楼2008-10-02 11:29:12
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xjian2046

银虫 (小有名气)

用GAUSS优化 这么大的好像不太合适吧。建议换别的软件。
4楼2008-10-02 13:34:12
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