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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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淡如水

金虫 (正式写手)

[交流] 关于结构优化的问题

我有一个分子，大概300多个原子（种类只有C H O N），想仅仅进行一下优化，可是用gaussian03中半经验的方法如 pm3 am1 mindo cndo indo等方法都是没法进行，提示说UNABLE TO ACHIEVE SELF-CONSISTENCE，或者是 >>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
想请教一下，我该如何优化，或者选用其他软件？（MS 能做吗？）
谢谢大家！

[ Last edited by 淡如水 on 2008-10-2 at 09:21 ]
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当你再没有什么可以失去的时候，就是你开始得到的时候。
1楼 2008-10-02 09:18:55
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)
★
jghe(金币+1,VIP+0):谢谢参与讨论！
你的分子类似树枝状大分子，具有众多的稳定构象，从建模的角度看，含300个原子的支链分子很难作到初始结构位于稳定构象附近，所以直接优化是很难得到结果的。建议先进行分子动力学模拟，找到相对能量最低的构象，然后再进行优化。而且只能用半经验法（对PC机）。
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2楼2008-10-02 11:18:20
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abbott

金虫 (著名写手)

不要用QQ问我东西
说的详细一点，最好把你的输入文件的route行以及报错的log文件都贴出来。

你现在写出来的信息，很难判定是哪里有问题。
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Chemistry[]==[]Chem[]is[]try!!!
3楼2008-10-02 11:29:12
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xjian2046

银虫 (小有名气)
用GAUSS优化 这么大的好像不太合适吧。建议换别的软件。
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4楼2008-10-02 13:34:12
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淡如水

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by xjian2046 at 2008-10-2 13:34:
用GAUSS优化 这么大的好像不太合适吧。建议换别的软件。

如果初始结构构建的好的话，有没有可能优化呢？
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当你再没有什么可以失去的时候，就是你开始得到的时候。
5楼2008-10-04 08:50:22
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dolphin618

金虫 (正式写手)
还是做分子动力学的模拟吧
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生命本就是不可名说的缘法，可又有谁愿做菩提下微笑拈起的莲花？
6楼2008-10-13 07:13:57
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elexware

银虫 (小有名气)
如此大的分子，先做md吧，这样较快得到你想要的结果。
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其实一切都还好...
7楼2008-10-13 08:30:32
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