24小时热门版块排行榜

返回列表

zym765319199

金虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1514.3
散金: 4
帖子: 157
在线: 31.8小时
虫号: 2544632
注册: 2013-07-13
专业: 半导体光电子器件

[求助] gro文件已有1人参与

如何把两个gro文件中的蛋白质合成一个gro文件

回复此楼

» 猜你喜欢

什么是人一生最重要的？已经有6人回复
为什么中国大学工科教授们水了那么多所谓的顶会顶刊，但还是做不出宇树机器人？已经有11人回复
网上报道青年教师午睡中猝死、熬夜猝死的越来越多，主要哪些原因引起的？已经有9人回复
【博士招生】太原理工大学2026化工博士已经有5人回复
280求调剂已经有3人回复
面上可以超过30页吧？已经有11人回复
版面费该交吗已经有15人回复
体制内长辈说体制内绝大部分一辈子在底层，如同你们一样大部分普通教师忙且收入低已经有18人回复

1楼 2016-01-12 12:36:43

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

astrozheng

银虫 (小有名气)

应助: 9 (幼儿园)
金币: 512.2
散金: 353
红花: 4
帖子: 268
在线: 38.6小时
虫号: 2499964
注册: 2013-06-07
性别: GG
专业: 生物大分子结构与功能

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1

首先是gro文件的格式要明白：
第一行是所有原子的个数，这个数字在两个蛋白质合并后是所有原子的个数。
最后一行是box的大小，这个可以改下
其他的行要保持原子序号和氨基酸序列的连续性。

但是有简单办法。你将蛋白质a的gro文件转成pdb，然后将b蛋白的gro文件转成pdb。再将两个pdb文件直接拼接在一起（cat file1.pdb file2.pdb >> combined.pdb）得到一个新的pdb，再将这个pdb转成gro文件。gromacs中trjconv和editconf都支持不同文件格式的转换。

赞一下

回复此楼

个人签名用英文会没有空格，真是个bug.

2楼2016-01-12 16:51:37