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zym765319199

金虫 (小有名气)

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[求助] gro文件已有1人参与

如何把两个gro文件中的蛋白质合成一个gro文件

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1楼 2016-01-12 12:36:43

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

astrozheng

银虫 (小有名气)

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【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1

首先是gro文件的格式要明白：
第一行是所有原子的个数，这个数字在两个蛋白质合并后是所有原子的个数。
最后一行是box的大小，这个可以改下
其他的行要保持原子序号和氨基酸序列的连续性。

但是有简单办法。你将蛋白质a的gro文件转成pdb，然后将b蛋白的gro文件转成pdb。再将两个pdb文件直接拼接在一起（cat file1.pdb file2.pdb >> combined.pdb）得到一个新的pdb，再将这个pdb转成gro文件。gromacs中trjconv和editconf都支持不同文件格式的转换。

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个人签名用英文会没有空格，真是个bug.

2楼2016-01-12 16:51:37