[½»Á÷] ²ÉÓÃsemiisotropicѹÁ¦ñîºÏ£¬xy·½ÏòѹÁ¦²»¿É¿Ø

ÎÒµÄÌåϵÊÇͼ1£¬npt½×¶ÎµÄmdp²ÎÊýÉèÖÃÈçÏ£º define                = -DFLEXIBLE -DPOSRES        ; position restrain         ; Run parameters integrator        = md                ; leap-frog integrator nsteps                = 10000000        ; 10 ns dt                = 0.001                ; 1 fs ; Output control nstxout                = 5000         nstvout                = 5000        nstenergy        = 5000                nstlog                = 5000                ; Bond parameters continuation        = yes                constraint_algorithm  = lincs        ; holonomic constraints constraints        = h-bonds        lincs_iter      = 1         ; accuracy of LINCS lincs_order     = 4         ; also related to accuracy ; Neighborsearching cutoff-scheme   = Verlet rlist           = 1 ns_type                = grid                ; search neighboring grid cells nstlist                = 10                ; 10 fs, largely irrelevant with Verlet rcoulomb        = 1                ; short-range electrostatic cutoff (in nm) rvdw                = 1                ; short-range van der Waals cutoff (in nm) ; Electrostatics coulombtype        = PME                ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics pme_order        = 4                ; cubic interpolation fourierspacing        = 0.12        ; grid spacing for FFT ; Temperature coupling is on tcoupl                = v-rescale        ; modified Berendsen thermostat tc-grps                = mmt notmmt        ; two coupling groups - more accurate tau_t                = 2.0 2.0         ; time constant, in ps ref_t                = 250 250             ; reference temperature, one for each group, in K ; Pressure coupling is on pcoupl                = berendsen            ; Pressure coupling on in NPT pcoupltype        = semiisotropic                   tau_p                = 4.0 4.0                            ; time constant, in ps ref_p                = 500.0 500.0                            ; reference pressure, in bar compressibility = 0 4.5e-5                    ; isothermal compressibility of water, bar^-1 refcoord_scaling = com ; Periodic boundary conditions pbc                = xyz                ; 3-D PBC ; Dispersion correction DispCorr        = EnerPres        ; account for cut-off vdW scheme ; Velocity generation gen_vel                = no                ; Velocity generation is off 10nsµÄnpt½áÊøºóѹÁ¦ÊÇͼ2¡£¿É¼ûz·½ÏòµÄѹÁ¦¿ØÖƵñȽϺã¬ÔÚ500bar¸½½ü²¨¶¯¡£µ«ÊÇxy·½ÏòµÄѹÁ¦·Ç³£´ó£¬ÍêÈ«¿ØÖƲ»ÁË¡£ ÎÒÊÔ¹ý½«xy·½ÏòµÄñîºÏѹÁ¦¸Ä³É0£¬½á¹ûÒ²»¹ÊÇÓкܴóµÄѹÁ¦¡£ ÇëÎÊ´ó¼Ò£¬²ÉÓÃsemiisotropicѹÁ¦ñîºÏʱ£¬ÐèÒª¿¼ÂÇxy·½ÏòµÄѹÁ¦Â𣬻¹ÊÇÖ»¿¼ÂÇz·½ÏòѹÁ¦¾Í¿ÉÒÔÁËÄØ£¿ ÃÉÍÑʯ¿×϶ˮ.jpg ѹÁ¦.png

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