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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » ptraj分析配体周围水分子个数与每帧（整个ＭＤ过程的动态变化）的关系
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keke_1210

木虫 (小有名气)

[求助] ptraj分析配体周围水分子个数与每帧（整个ＭＤ过程的动态变化）的关系 已有1人参与

最近在做蛋白质与配体的相互作用分析，遇到个问题，想看整个ＭＤ过程配体周围水分子数目有何变化。我知道用ｒａｄｉａｌ可以求配体周围水分子的径向分布函数，但是这样也只能得出水分子百分比与配体和水分子距离之间的关系。请问大家都是怎么分析的呢？
我查了下，网上的说明有些模糊，并且试了之后并不奏效。下面是网上的回答：
http://archive.ambermd.org/201201/0193.html

http://archive.ambermd.org/201306/0408.html
各位有没有做过此类分析呢？貌似用ｒａｄｉａｌ可以得出，你们脚本是怎么输入的？
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你好吗
1楼 2016-01-07 20:25:18
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liruihyd

木虫 (著名写手)
这个MS运算需多久?我的QQ568767035
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2楼2016-01-27 10:01:48
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keke_1210

木虫 (小有名气)
我没用MS啊，用的amber

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你好吗
3楼2016-01-28 09:35:46
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老曼7

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
keke_1210: 金币+15, ★★★很有帮助 2016-01-29 15:41:43
你的意思是想知道每一帧当中，配体周围知道范围内的水分子数目吗？比如配体重原子3.5埃之内的，或者3.5-15埃之内的水分子有多少个。
如果是这样的话，你再仔细看一下AmberTools12的manual的ptraj部分，有一个命令应该可以符合这个要求的~~
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4楼2016-01-29 14:49:18
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老曼7

铁杆木虫 (正式写手)
配体周围指定范围内的水分子数目
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5楼2016-01-29 14:53:10
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keke_1210

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 老曼7 at 2016-01-29 14:49:18
你的意思是想知道每一帧当中，配体周围知道范围内的水分子数目吗？比如配体重原子3.5埃之内的，或者3.5-15埃之内的水分子有多少个。
如果是这样的话，你再仔细看一下AmberTools12的manual的ptraj部分，有一个命令应 ...

喔，你是说contacts?以前还是看得太粗糙了，谢了呀！你有没有试下？?

发自小木虫IOS客户端
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你好吗
6楼2016-01-29 15:34:00
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老曼7

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by keke_1210 at 2016-01-29 15:34:00
喔，你是说contacts?以前还是看得太粗糙了，谢了呀！你有没有试下？?
...

是watershell的命令。我也看得很粗糙，也就说一下自己用过的命令而已，而你说的radii和contacts我都不知道咋用，要用的时候再看manual咯。具体的细节还是要靠自己

发自小木虫Android客户端
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7楼2016-01-29 19:21:59
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