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keke_1210木虫 (小有名气)
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ptraj分析配体周围水分子个数与每帧（整个ＭＤ过程的动态变化）的关系 已有1人参与
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最近在做蛋白质与配体的相互作用分析，遇到个问题，想看整个ＭＤ过程配体周围水分子数目有何变化。我知道用ｒａｄｉａｌ可以求配体周围水分子的径向分布函数，但是这样也只能得出水分子百分比与配体和水分子距离之间的关系。请问大家都是怎么分析的呢？ 我查了下，网上的说明有些模糊，并且试了之后并不奏效。下面是网上的回答： http://archive.ambermd.org/201201/0193.html http://archive.ambermd.org/201306/0408.html 各位有没有做过此类分析呢？貌似用ｒａｄｉａｌ可以得出，你们脚本是怎么输入的？ |
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是watershell的命令。我也看得很粗糙，也就说一下自己用过的命令而已，而你说的radii和contacts我都不知道咋用，要用的时候再看manual咯。具体的细节还是要靠自己 发自小木虫Android客户端 |
7楼2016-01-29 19:21:59