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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 相似的分子对接结果相差很多
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悠然南子

铁虫 (初入文坛)

[求助] 相似的分子对接结果相差很多 已有1人参与

各位前辈，我利用autodock将曙红B与罗丹明B分别与BSA做对接。
同一位点，对接完后，两个相似的分子，结果却是曙红B对接不上（affinity大于0）
这是二者的结构式
相似的分子对接结果相差很多曙红B
相似的分子对接结果相差很多-1罗丹明B

我发现这两个分子对接完后，曙红B的中心C原子变绿，而罗丹明B的没有变绿。这是为什么？这会不会影响到对接效果？
相似的分子对接结果相差很多-2曙红B
相似的分子对接结果相差很多-3罗丹明B

为什么小分子对接完后，碳骨架会显示白色？而其它周边C原子（如羧基上的C）仍是绿色？
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1楼 2016-01-04 16:51:52
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悠然南子

铁虫 (初入文坛)
顶一下，别让帖子沉了，希望前辈们看到
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2楼2016-01-07 10:28:14
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

估计是小分子结构没有优化好
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3楼2016-01-09 09:12:29
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