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悠然南子

铁虫 (初入文坛)

[求助] 相似的分子对接结果相差很多 已有1人参与

各位前辈,我利用autodock将曙红B与罗丹明B分别与BSA做对接。
同一位点,对接完后,两个相似的分子,结果却是曙红B对接不上(affinity大于0)
这是二者的结构式
相似的分子对接结果相差很多曙红B
相似的分子对接结果相差很多-1罗丹明B

我发现这两个分子对接完后,曙红B的中心C原子变绿,而罗丹明B的没有变绿。这是为什么?这会不会影响到对接效果?
相似的分子对接结果相差很多-2曙红B
相似的分子对接结果相差很多-3罗丹明B

为什么小分子对接完后,碳骨架会显示白色?而其它周边C原子(如羧基上的C)仍是绿色?
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悠然南子

铁虫 (初入文坛)

顶一下,别让帖子沉了,希望前辈们看到
2楼2016-01-07 10:28:14
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖

估计是小分子结构没有优化好
3楼2016-01-09 09:12:29
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