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wang369

木虫 (职业作家)


[资源] AutoDock Tools在Ubuntu Kylin14、Ubuntu Kylin15下安装的详细安装步骤(原创)

自己在摸索的过程中发现很多人有相似的问题,没有解决,故把自己的经历分享出来。

AutoDock Tools在Ubuntu Kylin14、Ubuntu Kylin15下安装的详细安装步骤:

Mgltools安装

Ubuntu Kylin14、Ubuntu Kylin15下安装:
Home文件夹即主文件夹下新建一个文件夹autodock(文件夹可以自己随意新建设置);
1.登11.mgltools官网,下载mgltools_x86_64Linux2_1.5.6.tar.gz(下载符合电脑硬件的安装包)
2.     2. 双击下载到的mgltools_x86_64Linux2_1.5.6.tar.gz文件,解压到autodock文件夹,解压后,重命名刚刚解压得到的文件mgltools_x86_64Linux2_1.5.6.为mgltools。
3.      ctrl+alt+T调用命令终端或手动打开命令终端;
3.具体操作:先cd回车;
                      再ls回车;看到autodock文件夹;
                      cd program回车;看到mgltools文件夹;

                      cd mgltools回车。如下图所示:
4. 运行
        ./install.sh(注:..../program/mgltools/:./install.sh)
5.安装过程稍等一回,会在结束之前弹出对话框说明某些部分的相关使用条款,确定即可
6. 参照命令终端给出的提示:
To run pmv, adt, vision or pythonsh scripts located at:
/home/username/program/mgltools/bin
you will need to do ONE of the following:

-- add the /home /aspirin/autodock /mgltools/bin to the path environmentvariable in .cshrc or .bashrc:
.cshrc:
set path = (/home/ aspirin/autodock /mgltools/bin $path)

.bashrc
export PATH=/home/ aspirin/autodock /mgltools/binPATH

-- create aliases in your .cshrc or .bashrc
.cshrc:
alias pmv /home/ aspirin/autodock /mgltools/bin/pmv
alias adt /home/ aspirin/autodock /mgltools/bin/adt
alias vision /home/ aspirin/autodock /mgltools/bin/vision
alias pythonsh /home /aspirin/autodock /mgltools/bin/pythonsh

.bashrc
aliaspmv='/home/aspirin/autodock/mgltools/bin/pmv'
alias adt='/home/ aspirin/autodock /mgltools/bin/adt'
alias vision='/home/ aspirin/autodock /mgltools/bin/vision'
alias pythonsh='/home/ aspirin/autodock /mgltools/bin/pythonsh'(如上图所示)
这里选用最后一种方法,通过更改.bashrc文件的方法实现,具体为:
打开home文件夹即主文件夹,ctrl+H显示隐藏的文件(再按一次,取消隐藏),找到.bahsrc文件,打开(和win中使用记事本打开文件一样的方法),在文档最后部分添加刚才复制到的代码,具体这里是这样做的:
#############ADT start#################
alias pmv='/home/ aspirin/autodock /mgltools/bin/pmv'
alias adt='/home/ aspirin/autodock /mgltools/bin/adt'
alias vision='/home/ aspirin/autodock /mgltools/bin/vision'
alias pythonsh='/home/ aspirin/autodock /mgltools/bin/pythonsh'
#############ADT end################
7. 在刚才安装时使用的命令终端(当然,也可以在其他命令终端)输入source./initMGLtools.sh(具体看自己命令端的显示)回车;
8. cd回车切换至主文件即home文件夹;
输入adt,回车;

注:附件有详细的步骤和图片。详细的步骤和图片。详细的步骤和图片。
生物分子模拟论坛:http://bioms.org/thread-2219-1-1.html
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  • 附件 1 : ubuntukylin14.04LTS安装mgltools(AutoDock_Tools)方法.docx
  • 2015-12-31 23:17:34, 957.81 K

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lvxinyuabc

木虫 (正式写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

多谢分享。
5楼2016-01-04 20:33:40
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wang369

木虫 (职业作家)


引用回帖:
5楼: Originally posted by lvxinyuabc at 2016-01-04 20:33:40
多谢分享。

能帮助大家就很幸福了,安装成功告诉我一声,有问题也反馈一下。
6楼2016-01-04 20:47:27
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autodockytu

捐助贵宾 (小有名气)


★★★ 三星级,支持鼓励

嗯好帖子
10楼2016-10-31 11:12:50
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xmc1411182楼
2016-01-01 05:29   回复  
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xufund3楼
2016-01-01 08:08   回复  
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2016-01-02 08:31   回复  
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2016-01-08 00:12   回复  
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zwbzzd8楼
2016-05-25 10:15   回复  
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2016-10-30 21:09   回复  
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2016-11-02 11:32   回复  
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2017-06-21 22:36   回复  
五星好评  顶一下,感谢分享!
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