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monowolf

铁杆木虫 (著名写手)


[资源] 电荷密度图等高线的作法

这是我师兄编的MATLAB程序用来处理MS电荷密度的等高线做法,分四步:
1.找到电荷密度图的存储文件,一般是在自己所建的计算project中,隐藏的,castep模块是.charg_frm格式的,可以用txt打开后另存为txt格式。
2.读取数据,在matlab命令里输入以下命令:
[path,fn]=uigetfile('*.txt','Open');
fp=fopen([fn,path],'r');
head=fscanf(fp,'%s',4);
data=fscanf(fp,'%f',[4,18*18*144]);
fclose(fp);
这是读取刚才保存的txt数据的,其中18*18*144是可以改的,分别对应a,b,c的重复单元。
3.作矩阵。
a=reshape(data(1,,[18,18,144]);
b=reshape(data(2,,[18,18,144]);
c=reshape(data(3,,[18,18,144]);
d=reshape(data(4,,[18,18,144]);
其中18*18*144是可以改的,分别对应a,b,c的重复单元,即长宽高的值。
4.作等高线图
layer=1;
contour(reshape(a(:,layer,,[18,144]),reshape(c(:,layer,,[18,144]),reshape(d(:,layer,,[18,144]),8);
layer=1(2,3,4....) 可以修改作图的层数,分别是从前面到后面。最后的8表示显示线条数目,可以自己修改成9,10或其它。
hold on 表示累积作图,hold off表示清空前面的 作图
举例;做表面层和第九层的等高线图
>> layer=9;
contour(reshape(a(:,layer,,[18,144]),reshape(c(:,layer,,[18,144]),reshape(d(:,layer,,[18,144]),8);
>> hold on
>> layer=1;
contour(reshape(a(:,layer,,[18,144]),reshape(c(:,layer,,[18,144]),reshape(d(:,layer,,[18,144]),8);

这是沿侧面做等高线(即xz平面),其它方向作图类似。只要修改其中的参数就可以了,如把a(:,layer,,[18,144]),reshape(c(:,layer,,[18,144]),reshape(d(:,layer,,[18,144]),8);
改为a(layer,:,,[18,144]),reshape(c(layer,l:,,[18,144]),reshape(d(layer,:,,[18,144]),8);
欢迎大家指点。上传附件为样本数据和上述作图txt文档。

特别感谢师兄Mr.Tang.

[ Last edited by monowolf on 2008-9-25 at 21:58 ]
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hchfox

木虫 (正式写手)


由你的计算程序啊。。。vasp,siesta,pwscf。。。
得到的应该都是文本文件啊,
另外lev00与这些程序都结合的很好的,可进一步得到任一平面的charge density,再用origin或其他程序画图就ok啦。。。
引用回帖:
Originally posted by li_jinchun at 2009-6-5 09:01:

怎样得到 charge density的文本文件,谢谢

19楼2009-06-05 17:07:35
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查看全部 23 个回答

monowolf

铁杆木虫 (著名写手)


这个是 :+ ),做图片处理了。
2楼2008-09-25 21:59:25
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zhfuchun

金虫 (小有名气)


★★★ 三星级,支持鼓励

那么任意三个原子确定一个面,这个如何提取数据?
3楼2008-09-25 22:02:57
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jieweiwei

铜虫 (小有名气)


★★★ 三星级,支持鼓励

请问楼主我的Project中怎么没有这个隐含文件啊?
到底该怎么找啊
4楼2008-09-26 14:40:58
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