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monowolf

铁杆木虫 (著名写手)


[资源] 电荷密度图等高线的作法

这是我师兄编的MATLAB程序用来处理MS电荷密度的等高线做法,分四步:
1.找到电荷密度图的存储文件,一般是在自己所建的计算project中,隐藏的,castep模块是.charg_frm格式的,可以用txt打开后另存为txt格式。
2.读取数据,在matlab命令里输入以下命令:
[path,fn]=uigetfile('*.txt','Open');
fp=fopen([fn,path],'r');
head=fscanf(fp,'%s',4);
data=fscanf(fp,'%f',[4,18*18*144]);
fclose(fp);
这是读取刚才保存的txt数据的,其中18*18*144是可以改的,分别对应a,b,c的重复单元。
3.作矩阵。
a=reshape(data(1,,[18,18,144]);
b=reshape(data(2,,[18,18,144]);
c=reshape(data(3,,[18,18,144]);
d=reshape(data(4,,[18,18,144]);
其中18*18*144是可以改的,分别对应a,b,c的重复单元,即长宽高的值。
4.作等高线图
layer=1;
contour(reshape(a(:,layer,,[18,144]),reshape(c(:,layer,,[18,144]),reshape(d(:,layer,,[18,144]),8);
layer=1(2,3,4....) 可以修改作图的层数,分别是从前面到后面。最后的8表示显示线条数目,可以自己修改成9,10或其它。
hold on 表示累积作图,hold off表示清空前面的 作图
举例;做表面层和第九层的等高线图
>> layer=9;
contour(reshape(a(:,layer,,[18,144]),reshape(c(:,layer,,[18,144]),reshape(d(:,layer,,[18,144]),8);
>> hold on
>> layer=1;
contour(reshape(a(:,layer,,[18,144]),reshape(c(:,layer,,[18,144]),reshape(d(:,layer,,[18,144]),8);

这是沿侧面做等高线(即xz平面),其它方向作图类似。只要修改其中的参数就可以了,如把a(:,layer,,[18,144]),reshape(c(:,layer,,[18,144]),reshape(d(:,layer,,[18,144]),8);
改为a(layer,:,,[18,144]),reshape(c(layer,l:,,[18,144]),reshape(d(layer,:,,[18,144]),8);
欢迎大家指点。上传附件为样本数据和上述作图txt文档。

特别感谢师兄Mr.Tang.

[ Last edited by monowolf on 2008-9-25 at 21:58 ]
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monowolf

铁杆木虫 (著名写手)


这个是 :+ ),做图片处理了。
2楼2008-09-25 21:59:25
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zhfuchun

金虫 (小有名气)


★★★ 三星级,支持鼓励

那么任意三个原子确定一个面,这个如何提取数据?
3楼2008-09-25 22:02:57
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jieweiwei

铜虫 (小有名气)


★★★ 三星级,支持鼓励

请问楼主我的Project中怎么没有这个隐含文件啊?
到底该怎么找啊
4楼2008-09-26 14:40:58
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stractor

金虫 (著名写手)


引用回帖:
Originally posted by zhfuchun at 2008-9-25 22:02:
那么任意三个原子确定一个面,这个如何提取数据?

我也问这个问题,(001)面得电荷密度简单,但是任意面呢,比如(112)面怎么处理?
5楼2009-05-30 15:36:34
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okhere8815

金虫 (正式写手)


★ 一星级,一般

其实际上MS软件中就有显示待高级功能,只是大家不会使用MS的功能而已,搞得这么复杂!!
6楼2009-05-30 15:46:48
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okhere8815

金虫 (正式写手)


很简单的事,搞得这么复杂,不好吧?

很简单的事,搞得这么复杂,不好吧?
7楼2009-05-30 15:47:37
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zhfuchun

金虫 (小有名气)


要做任意面的等高线图如何做?就是三个原子确定的一个面的数据如何提取?
8楼2009-05-30 19:04:42
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引用回帖:
Originally posted by okhere8815 at 2009-5-30 15:47:
很简单的事,搞得这么复杂,不好吧?

不知道能不能详细说说呢?
9楼2009-05-30 20:48:08
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meimeidyh

铁杆木虫 (著名写手)


老帖子了(虽然是好帖子),却总是被某些人在论坛里转来转去,拿来骗金币。
10楼2009-05-31 09:35:27
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hh113

铜虫 (初入文坛)


请问怎样在等高线里面确定是什么原子产生的呢?
11楼2009-05-31 10:49:40
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hchfox

木虫 (正式写手)


这能有多好?lev00一切都可搞定,只要你学明白了。。。
引用回帖:
Originally posted by zhfuchun at 2008-9-25 22:02:
那么任意三个原子确定一个面,这个如何提取数据?

12楼2009-05-31 11:54:14
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小臭虫

新虫 (小有名气)


monowolf 你好 我按照你教的方法 已经做出了电荷密度图 但如何区分各个原子的图呢 再次感谢
13楼2009-06-04 11:25:33
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xing446

木虫 (小有名气)


★★★ 三星级,支持鼓励

支持一下!
14楼2009-06-04 14:26:37
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dongdong3881

木虫 (正式写手)


引用回帖:
Originally posted by okhere8815 at 2009-5-30 15:46:
其实际上MS软件中就有显示待高级功能,只是大家不会使用MS的功能而已,搞得这么复杂!!

请说详细些好吗 ?
15楼2009-06-04 15:40:39
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小臭虫

新虫 (小有名气)


如何做出这样的电荷密度图 大家一起来想办法吧 人多力量大
16楼2009-06-04 15:56:37
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hchfox

木虫 (正式写手)


只要你得到了charge density的文本文件,用Origin就OK了,作出来的图比这还漂亮,哈。。。
引用回帖:
Originally posted by 小臭虫 at 2009-6-4 15:56:
如何做出这样的电荷密度图 大家一起来想办法吧 人多力量大

17楼2009-06-04 16:05:47
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li_jinchun

金虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by hchfox at 2009-6-4 16:05:
只要你得到了charge density的文本文件,用Origin就OK了,作出来的图比这还漂亮,哈。。。


怎样得到 charge density的文本文件,谢谢
18楼2009-06-05 09:01:33
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hchfox

木虫 (正式写手)


由你的计算程序啊。。。vasp,siesta,pwscf。。。
得到的应该都是文本文件啊,
另外lev00与这些程序都结合的很好的,可进一步得到任一平面的charge density,再用origin或其他程序画图就ok啦。。。
引用回帖:
Originally posted by li_jinchun at 2009-6-5 09:01:

怎样得到 charge density的文本文件,谢谢

19楼2009-06-05 17:07:35
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zzjust

新虫 (小有名气)


如果使用MS呢
还没弄懂
20楼2009-06-09 01:14:53
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laohaoren2802

银虫 (正式写手)


同样期待,顶一个
21楼2009-06-10 16:41:32
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