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syd89522木虫 (小有名气)
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利用amber14运行含金属的蛋白动力学时出现如下错误
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我打算用amber14跑含有四个Ca2+离子的金属蛋白动力学，按照amber 官网上的教程来做，运行parmed.py -n -O mod_wat.prmtop parmed.in 这一命令时，出现了以下错误： The selected metal ion is C Action add12_6_4 failed LJ12_6_4Error: Could not find parameters for ATOM_TYPE N3 我的prmtop文件和inpcrd均成功生成，parmed.in 文件编辑如下： loadRestrt mod_wat.inpcrd setOverwrite True add12_6_4 :40@CA watermodel SPCE outparm mod_wat_ca.prmtop mod_wat_ca.inpcrd 请问@CA 前面的数字指的是该原子的原子量吗？ 请教大家这个错误该如何解决呢？ |
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