24小时热门版块排行榜    

查看: 6438  |  回复: 18
【有奖交流】积极回复本帖子,参与交流,就有机会分得作者 jinbei 的 5 个金币

jinbei

木虫 (正式写手)

[交流] 离子液体的阴阳离子如何输入高斯VIEW里面?

请问离子液体如何在gaussion view里面输入结构式,然后进行构型最优化?
比如我要研究 1-乙基-3-甲基咪唑四氟化硼[EMim]BF4 离子液体,是不是将阳离子[EMim]+和阴离子BF4-直接在gaussion view里面画出来,放在一起?再设置能量最小化的方法进行结构优化,保存为.gjf文件。

图见附件,初学者,不知道对否?请指教。

离子液体的阴阳离子如何输入高斯VIEW里面?
QQ图片20151224234606.png
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

不取俗名

木虫 (正式写手)

★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
jinbei: 金币+1 2015-12-25 17:17:04
引用回帖:
8楼: Originally posted by jinbei at 2015-12-25 17:06:14
哦,谢谢。我是初学者。
我是在Gaussion View里面画出结果然后设置构型优化模型。相当于是写gjf文件。
那就是说阴离子或者阳离子的话都要设置所带的电荷、多重度等。...

嗯呢,说错了,离子对是0,1

发自小木虫Android客户端
9楼2015-12-25 17:07:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

不取俗名

木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
12楼: Originally posted by jinbei at 2015-12-26 14:30:12
你好,再请教一个问题,在GAUSSION VIEW里面,构型优化完成后的阳离子和阴离子如何组合成离子对?怎么将能量最低的阴阳离子合并呢?
是不是可以将阴阳离子通过用户定义碎片(custom Fragmant)入库,再添加到VIEW ...

打开一个文件,再打开另一个文件的时候方式专业append all...什么的,具体我忘了,你自己找找看,然后按照化学常识,拖动到你的初始位置,再优化

发自小木虫Android客户端
13楼2015-12-26 14:39:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

不取俗名

木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
jinbei: 金币+3 2015-12-25 10:58:45
通常的做法是先优化单体,做个esp分析,按照化学常识初步摆放,这一定程度上决定了优化成功与否,再优化dimer

发自小木虫Android客户端
2楼2015-12-25 08:08:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jinbei

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 不取俗名 at 2015-12-25 08:08:08
通常的做法是先优化单体,做个esp分析,按照化学常识初步摆放,这一定程度上决定了优化成功与否,再优化dimer

谢谢,请问先优化单体就是分别优化阳离子和阴离子吗?
3楼2015-12-25 10:58:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

不取俗名

木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
jinbei: 金币+5 2015-12-25 16:39:08
引用回帖:
3楼: Originally posted by jinbei at 2015-12-25 10:58:51
谢谢,请问先优化单体就是分别优化阳离子和阴离子吗?...

对的,因为之后算相互作用能也用的上,而且先优化之后结构会更合理,也能减少你的优化时间,通常

发自小木虫Android客户端
4楼2015-12-25 15:04:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jinbei

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 不取俗名 at 2015-12-25 15:04:22
对的,因为之后算相互作用能也用的上,而且先优化之后结构会更合理,也能减少你的优化时间,通常
...

请问
(1)在高斯VIEW里面单独画出1-乙基-3-甲基咪唑阳离子[EMim]+的结构,那么其带的电荷数需要在Calculation-----Gaussion Calculation Setup弹出的窗体设置吗?是的话,是在Method里面的"Charge"设置吗?比如带一个正电荷就输入+1。
还是不用设置所带的电荷?直接设置构型优化方法,然后运行GAUSS09软件进行优化。
(2)另外,优化后的键长、键角、二面角和电荷分布在哪里看?在.out文件或者.chk文件里面吗?可以用什么软件后处理?

非常感谢您的回复。
5楼2015-12-25 16:56:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

不取俗名

木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by jinbei at 2015-12-25 16:56:52
请问
(1)在高斯VIEW里面单独画出1-乙基-3-甲基咪唑阳离子+的结构,那么其带的电荷数需要在Calculation-----Gaussion Calculation Setup弹出的窗体里面设置吗?
还是不用设置所带的电荷?直接设置构型优化方法, ...

我没用Gaussianview算过,我都直接写gjf的,要设置电荷,多重度,阳离子是1,1
阴离子是-1,1
离子对是1,1

发自小木虫Android客户端
6楼2015-12-25 16:59:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

不取俗名

木虫 (正式写手)

★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
jinbei: 金币+1 2015-12-26 08:49:57
引用回帖:
5楼: Originally posted by jinbei at 2015-12-25 16:56:52
请问
(1)在高斯VIEW里面单独画出1-乙基-3-甲基咪唑阳离子+的结构,那么其带的电荷数需要在Calculation-----Gaussion Calculation Setup弹出的窗体设置吗?是的话,是在Method里面的"Charge"设置 ...

out拖进去,键长和角度直接在Gaussianview里就能读,上面的面板自己挨个点点看就好,电荷的话点results里就有,但是只优化的mulliken电荷分析的很差,具体用什么方法你可以搜论文看看

发自小木虫Android客户端
7楼2015-12-25 17:02:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jinbei

木虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 不取俗名 at 2015-12-25 16:59:40
我没用Gaussianview算过,我都直接写gjf的,要设置电荷,多重度,阳离子是1,1
阴离子是-1,1
离子对是1,1
...

哦,谢谢。我是初学者。
我是在Gaussion View里面画出结果然后设置构型优化模型。相当于是写gjf文件。
那就是说阴离子或者阳离子的话都要设置所带的电荷、多重度等。
8楼2015-12-25 17:06:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jinbei

木虫 (正式写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by 不取俗名 at 2015-12-25 17:07:09
嗯呢,说错了,离子对是0,1
...

谢谢,离子对是不是就是阴阳离子合在一起,进行构型优化?

感谢您的回复。感觉对这个构型有了一定的理解。
10楼2015-12-25 17:19:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 jinbei 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[教师之家] 双非本科毕业论文,气人 +7 河西夜郎 2024-05-27 12/600 2024-06-01 22:12 by iwdw2012
[基金申请] 化学B02口青基 代表作都是什么水平的?向大佬求助 +8 arthas_007 2024-06-01 10/500 2024-06-01 22:05 by photocatalysis
[硕博家园] 每到中夜,情难自抑 +33 sioc-sunj 2024-05-28 57/2850 2024-06-01 21:39 by chemhua
[基金申请] 数理的人才答辩通知发了吗 +7 yzy3327 2024-05-30 7/350 2024-06-01 09:15 by 撒哈拉西部
[教师之家] 选择 +6 459582015 2024-05-31 6/300 2024-06-01 07:32 by otani
[考博] 导师不让硕转博,让我去国外读博,能理解吗? +11 萧山幽谷 2024-05-29 19/950 2024-05-31 21:32 by 萧山幽谷
[考博] 广东以理材料系碳点与功能材料课题组 — 2博士名额 / 科研助理 +4 小城夜很美 2024-05-27 11/550 2024-05-31 21:26 by 小城夜很美
[论文投稿] 纠结选哪一个期刊,电化学领域 50+8 Freya163 2024-05-28 10/500 2024-05-31 15:09 by wzykobe
[硕博家园] 求问endnote上Wiley引用格式在哪下载 +3 Elon. 2024-05-30 3/150 2024-05-31 10:13 by crazy peng
[文学芳草园] 对对子啊 +5 天若孤独 2024-05-29 7/350 2024-05-31 09:00 by wjykycg
[论文投稿] 审稿专家比较坚定的让补充实验,但实在没法补充实验,修回还有希望吗? (EPI+1) 3+3 qweasd12345 2024-05-29 6/300 2024-05-30 08:11 by qweasd12345
[博后之家] 2024公派博后申请 +4 326lhpqk 2024-05-27 5/250 2024-05-29 20:03 by @古月胡
[基金申请] 信息学部函评结束了吗? +6 ducan21 2024-05-28 7/350 2024-05-29 12:10 by WORLD0256
[论文投稿] 高手朋友推荐比较容易投稿和录用的SCI期刊,不投稿收费SC,对分区没有要求 5+3 xintangren 2024-05-28 4/200 2024-05-29 10:46 by xintangren
[基金申请] E10开始送了,希望有好运 +5 sail 2024-05-27 5/250 2024-05-28 18:36 by 芝小芝
[有机交流] 奇怪的物质 100+4 桃桃PXS 2024-05-27 7/350 2024-05-28 10:22 by 091602
[基金申请] 面上基金会评专家,有回避机制吗? +4 huang1991js 2024-05-27 4/200 2024-05-27 19:08 by 星火12
[硕博家园] 我是很理想化一人 +6 hahamyid 2024-05-26 6/300 2024-05-27 18:13 by 大飞鱼鱼鱼
[基金申请] 感觉自然基金限制通过比例就是有点扯,学学B口,化学学部,不限制比例。 +10 wsjing 2024-05-26 14/700 2024-05-27 11:57 by kanmiaolucky
[硕博家园] 课题做到一半担心做不出来怎么办 +4 mkpooooo 2024-05-27 7/350 2024-05-27 11:56 by kanmiaolucky
信息提示
请填处理意见