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hxswdl至尊木虫 (文坛精英)
Tortoise
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[求助]
有一批基因组的NC号，求助批量下载对应的基因文件已有1人参与
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想下载线粒体基因组数据库对应的所有基因，已经批量下载了基因组数据，但是基因只知道单个的怎么下，真心求教！ 单个下载基因是这样的： 比如这个基因组：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_001224.1 只需要选择send==>coding sequences==>fasta就可以了。 但是这样的基因组有点多，几百个，请问怎么批量下载呢？ |
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【答案】应助回帖
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简单粗暴的方法： 用你的例子下载了一个文件, 观察到下载链接是： http://www.ncbi.nlm.nih.gov/svie ... 6&maxplex=3 这个下载链接其实是有格式的，比如说val=49643087这个参数就是gene的GI number,所以所以想下载哪个gene就用哪个gene的GI number在此处替换。很简单的脚本就能完成。 官方一点的NCBI大批量处理数据的工具Entrez Programming Utilities 给个链接：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25500/ 自己慢慢研究吧 |
hxswdl2楼2016-01-03 22:32:10
hxswdl
至尊木虫 (文坛精英)
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3楼2016-01-03 22:47:14