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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » 有一批基因组的NC号，求助批量下载对应的基因文件
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hxswdl

至尊木虫 (文坛精英)

Tortoise

文献杰出贡献

[求助] 有一批基因组的NC号，求助批量下载对应的基因文件 已有1人参与

想下载线粒体基因组数据库对应的所有基因，已经批量下载了基因组数据，但是基因只知道单个的怎么下，真心求教！
单个下载基因是这样的：
比如这个基因组：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_001224.1
只需要选择send==>coding sequences==>fasta就可以了。
但是这样的基因组有点多，几百个，请问怎么批量下载呢？
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Dripping Concentrated!!energetic and active！
1楼 2015-12-23 07:58:18
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白水游鱼

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

简单粗暴的方法：
用你的例子下载了一个文件, 观察到下载链接是：
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/svie ... 6&maxplex=3
这个下载链接其实是有格式的，比如说val=49643087这个参数就是gene的GI number,所以所以想下载哪个gene就用哪个gene的GI number在此处替换。很简单的脚本就能完成。

官方一点的NCBI大批量处理数据的工具Entrez Programming Utilities
给个链接：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25500/
自己慢慢研究吧
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

hxswdl
2楼2016-01-03 22:32:10
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hxswdl

至尊木虫 (文坛精英)

Tortoise

文献杰出贡献
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 白水游鱼 at 2016-01-03 22:32:10
简单粗暴的方法：
用你的例子下载了一个文件, 观察到下载链接是：
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sviewer/viewer.cgi?tool=portal&sendto=on&log$=seqview&db=nuccore&dopt=fasta_cds_na&sort ...

是只要cds区域的，批量下基因会下，但是只需要蛋白编码区域。
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Dripping Concentrated!!energetic and active！
3楼2016-01-03 22:47:14
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