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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 求助用MD建立模型，Amorphous cell Construction出错是怎么回事
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hepetter

银虫 (正式写手)

[求助] 求助用MD建立模型，Amorphous cell Construction出错是怎么回事 已有3人参与

我想用聚天冬氨酸为研究对象，运用分子动力学方法在方解石的晶面上进行动态模拟。
构建聚合物后总是出现下面的问题，只怎么回事？
求高手指教下，多谢了！！

求助用MD建立模型，Amorphous cell Construction出错是怎么回事
1.png


求助用MD建立模型，Amorphous cell Construction出错是怎么回事-1
2.png
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1楼 2015-12-22 15:33:02
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Friday

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你按yes， 会有一个txt文件，里面会有错误信息，贴出来看看。。。。

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2楼2015-12-22 16:38:54
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hepetter

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Friday at 2015-12-22 16:38:54
你按yes， 会有一个txt文件，里面会有错误信息，贴出来看看。。。。

这个你帮忙看下
求助用MD建立模型，Amorphous cell Construction出错是怎么回事-2
QQ图片20151222200559.png
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3楼2015-12-22 20:06:48
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Friday

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

文件夹下会有两个.txt的文件 一个是status.txt 另一个是 名字.txt 你把第二个打开看看

发自小木虫Android客户端
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4楼2015-12-23 07:40:13
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zsilence

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

密度太大 链节太长。。。反正就是参数不合理吧
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5楼2015-12-25 15:52:53
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焦卫卫

新虫 (初入文坛)
您好，关于上边说的问题，不知道您有没有解决？
最近也在用Amorphous cell Construction，Constituent molecules分子数为1时就能建成，改变分子数就会出现上述相同的错误提示？
希望能给予帮助，谢谢！
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6楼2016-07-01 13:04:52
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木鱼三生石

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

你看一下construction窗口下molecule的名称和这个原3D文件打开时，左下角信息中，下拉菜单molecule中的name名称是否一致呢？是不是sketch1？那就需要改成一样的名称，双击sketch 1重新命名一个名字，然后重新添加到construction中，再建了看看
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7楼2016-07-08 11:06:29
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