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suellen521

铜虫 (小有名气)

[求助] lammps软件MD方法模拟乙烯分子在沸石中的扩散 已有1人参与

各位前辈:
      我利用lammps软件运用MD方法模拟乙烯分子在沸石中的扩散。初始乙烯分子全部排布在沸石外部,乙烯分压恒定。
      现在遇到一个问题,就是随着扩散进行,原来在沸石外面的乙烯分子会扩散进入沸石内部,这样外部分子减少,分压降低;或者当分子再次从沸石中扩散出来,外部分压又会增加;所以为了保持外部乙烯分压恒定,需要根据乙烯分子进入沸石的情况动态添加删除外部的分子数,即,当一个乙烯分子进入沸石时,在沸石外部随机位置生成一个新的乙烯;反之,当一个乙烯从沸石中扩散出来时,沸石外部随机删除一个已存在的乙烯。
      需要的data文件, in都有,也已经实现了不能保证分压的扩散模拟,现在就想实现保持分压的扩散模拟。无从下手,不知道是应该修改in文件,还是需要在模拟计算中不断刷新data文件,因为毕竟只有data文件中有乙烯分子的坐标信息以及键长键角二面角等关系(感觉每步计算都刷新一遍data文件不靠谱。。。。计算量太大了吧)。
      问题陈述完啦,坐等前辈指导,10个金币只是抛砖引玉,引来相关领域前辈的关注,如果有人肯接,我必倾其所有,500金币全部奉上!!!
     示意图见附件

lammps软件MD方法模拟乙烯分子在沸石中的扩散
沸石外乙烯的布置.png
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我思故我在
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houxiuqun

新虫 (初入文坛)

请问楼主分子文件是怎么写的?
加油
7楼2016-04-06 17:34:24
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查看全部 7 个回答

alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
suellen521: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢 2016-01-11 14:24:41
可以参看fix deposit, fix evaporate命令
看看如何实践原子、分子的增减。

这个动能是可以实现的,先看看这两个fix是否够解决问题,若不行,再写个新的fix便是。
3楼2015-12-21 07:20:57
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suellen521

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by silence-jin at 2015-12-18 19:28:09
你的in文件

一直在忙这个,未能及时回复,不好意思~
in文件见附件,期待你的帮忙~

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  • 附件 1 : MFI.in
  • 2016-01-11 14:23:06, 1.3 K
我思故我在
4楼2016-01-11 14:23:23
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suellen521

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by alundilong at 2015-12-21 07:20:57
可以参看fix deposit, fix evaporate命令
看看如何实践原子、分子的增减。

这个动能是可以实现的,先看看这两个fix是否够解决问题,若不行,再写个新的fix便是。

最近一直在闷头找方法,没有及时回复,不好意思啦~
您说的方法我马上试试,如果可行就太谢谢啦,后期一定补加金币,如果还不行,估计还需要麻烦询问您
我思故我在
5楼2016-01-11 14:26:01
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