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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps软件MD方法模拟乙烯分子在沸石中的扩散
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suellen521

铜虫 (小有名气)

[求助] lammps软件MD方法模拟乙烯分子在沸石中的扩散 已有1人参与

各位前辈：
      我利用lammps软件运用MD方法模拟乙烯分子在沸石中的扩散。初始乙烯分子全部排布在沸石外部，乙烯分压恒定。
      现在遇到一个问题，就是随着扩散进行，原来在沸石外面的乙烯分子会扩散进入沸石内部，这样外部分子减少，分压降低；或者当分子再次从沸石中扩散出来，外部分压又会增加；所以为了保持外部乙烯分压恒定，需要根据乙烯分子进入沸石的情况动态添加删除外部的分子数，即，当一个乙烯分子进入沸石时，在沸石外部随机位置生成一个新的乙烯；反之，当一个乙烯从沸石中扩散出来时，沸石外部随机删除一个已存在的乙烯。
      需要的data文件， in都有，也已经实现了不能保证分压的扩散模拟，现在就想实现保持分压的扩散模拟。无从下手，不知道是应该修改in文件，还是需要在模拟计算中不断刷新data文件，因为毕竟只有data文件中有乙烯分子的坐标信息以及键长键角二面角等关系（感觉每步计算都刷新一遍data文件不靠谱。。。。计算量太大了吧）。
      问题陈述完啦，坐等前辈指导，10个金币只是抛砖引玉，引来相关领域前辈的关注，如果有人肯接，我必倾其所有，500金币全部奉上！！！
     示意图见附件

lammps软件MD方法模拟乙烯分子在沸石中的扩散
沸石外乙烯的布置.png
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我思故我在
1楼 2015-12-18 11:09:34
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silence-jin

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
2楼2015-12-18 19:28:09
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alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
suellen521: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢 2016-01-11 14:24:41
可以参看fix deposit, fix evaporate命令
看看如何实践原子、分子的增减。

这个动能是可以实现的，先看看这两个fix是否够解决问题，若不行，再写个新的fix便是。
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3楼2015-12-21 07:20:57
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suellen521

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by silence-jin at 2015-12-18 19:28:09
你的in文件

一直在忙这个，未能及时回复，不好意思~
in文件见附件，期待你的帮忙~
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    • 2016-01-11 14:23:06, 1.3 K
我思故我在
4楼2016-01-11 14:23:23
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suellen521

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by alundilong at 2015-12-21 07:20:57
可以参看fix deposit, fix evaporate命令
看看如何实践原子、分子的增减。

这个动能是可以实现的，先看看这两个fix是否够解决问题，若不行，再写个新的fix便是。

最近一直在闷头找方法，没有及时回复，不好意思啦~
您说的方法我马上试试，如果可行就太谢谢啦，后期一定补加金币，如果还不行，估计还需要麻烦询问您
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我思故我在
5楼2016-01-11 14:26:01
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zdyhbz

新虫 (初入文坛)
请问楼主这个问题解决了吗？
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6楼2016-01-26 21:09:06
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houxiuqun

新虫 (初入文坛)
请问楼主分子文件是怎么写的？
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加油
7楼2016-04-06 17:34:24
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