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撒哈拉0705铁虫 (小有名气)
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黄杆菌属和假单胞菌属有什么亲缘关系吗？为什么测序之后同时比对出这两种菌 已有1人参与
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黄杆菌属：Bacteroidetes; Flavobacteriia; Flavobacteriales; Flavobacteriaceae; Flavobacterium.、 假单胞菌属：Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Alteromonadales; Pseudoalteromonadaceae; Pseudoalteromonas. 明明是不同的们纲目科属啊，为什么一个菌比对的时候会同时比对出这两种呢？而且还都是100%，序列v3区，比对长度150bp，难道是因为序列太短了？望各位前辈指教 |
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haloarchaeon
金虫 (小有名气)
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【答案】应助回帖
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150bp的确太短了。 如果是分离的菌株，建议用引物27F和1541r测菌株的16SrRNA基因，再比对。 一般菌株用BLAST就可以比对。但要计算具体的相似性，建议用EzTaxon（http://www.ezbiocloud.net/eztaxon/database）。 |
2楼2015-12-18 19:49:48