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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 求助NPT压力耦合部分的设置问题
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吉米爱多

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 求助NPT压力耦合部分的设置问题 已有1人参与

文献中的一段话“Equilibration runs of 1 ns were carried out followed by 20 ns production runs in the NPT ensemble, with semi-isotropic pressure coupling permitting the z-dimension to fluctuate independently from the x and y directions.”
想请问使用semiisotropic压力耦合，作用原理和isotropic有什么不一样的？ref-p tau-p compressibility这三个参数是否都要单独设置？
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1楼 2015-12-15 20:43:51
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G、sir

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
吉米爱多: 金币+5 2015-12-22 09:08:19
isotropic是各向同性的压力耦合，压缩系数和参考压力分别通过compressibility和ref-p进行设置，都只需设置一个值。



semiisotropic 压力耦合在x和y方向上各向同性，但z方向上不同，需要两个值，分别对应于x/y方向和z方向。
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2楼2015-12-22 08:48:41
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tang_wei

金虫 (正式写手)
请问一下，你这是用的什么软件？我在lammps上看见压力耦合好像只是几个轴向取平均值
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3楼2015-12-22 09:38:39
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吉米爱多

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by tang_wei at 2015-12-22 09:38:39
请问一下，你这是用的什么软件？我在lammps上看见压力耦合好像只是几个轴向取平均值

gromacs
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4楼2015-12-22 20:30:04
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