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gwdavid木虫 (著名写手)
小木虫散兵坑坑长
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【求助】分子能量的问题
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我用insightII计算的小分子能量都在“百”数量级，像下面这个是依那普利的（最低能量构象）： Summary for object: LOWEST EAL with cutoff = 100.00000 angstroms Van der Waals energy = 38.67318 kcal repulsive energy = 99.01383 kcal dispersive energy = -60.34065 kcal Coulomb energy = 48.29597 kcal Bond energy = 13.71381 kcal Theta energy = 13.72788 kcal Phi energy = 4.72919 kcal Out of plane energy = 0.02381 kcal Bond-bond energy = 0.00000 kcal Bond-theta energy = 0.00000 kcal Theta-theta energy = 0.00000 kcal Theta-theta-phi energy = 0.00000 kcal Bond-bond(1-3) energy = 0.00000 kcal Op-op energy = 0.00000 kcal Phi-phi energy = 0.00000 kcal Hydrogen-bond energy = 0.00000 kcal Total energy = 119.16384 kcal Maximum derivatives (kcal/mole-Angstrom): dE/dx = 0.00006 dE/dy = 0.00005 dE/dz = -0.0000 这里显示其能量为119，与活性构象（290）的差值约为170kcal/mol，我算了好多其它的小分子也是这种情况。而文献里，sybyl，catalyst经我询问，其小分子能量都只是十几kcal/mol而已，差值就更小了。insightII怎么这么高啊？ 请帮忙看看啊！感激不尽 |
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