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yuhuobuku木虫 (正式写手)
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【求助】如何看键级？（金币奖励）
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Wiberg bond index matrix in the NAO basis: Atom 1 2 3 4 5 6 7 ---- ------ ------ ------ ------ ------ ------ ------ 1. C 0.0000 0.9964 0.9472 0.9394 0.9394 0.0020 0.0020 2. N 0.9964 0.0000 0.0208 0.0052 0.0052 0.8611 0.8611 3. H 0.9472 0.0208 0.0000 0.0004 0.0004 0.0002 0.0002 4. H 0.9394 0.0052 0.0004 0.0000 0.0009 0.0079 0.0005 5. H 0.9394 0.0052 0.0004 0.0009 0.0000 0.0005 0.0079 6. H 0.0020 0.8611 0.0002 0.0079 0.0005 0.0000 0.0003 7. H 0.0020 0.8611 0.0002 0.0005 0.0079 0.0003 0.0000 Wiberg bond index, Totals by atom: Atom 1 ---- ------ 1. C 3.8265 2. N 2.7499 3. H 0.9691 4. H 0.9544 5. H 0.9544 6. H 0.8720 7. H 0.8720 This index is intrinsically a positive quantity, making no distinction between net bonding or antibonding character of the density matrix elements. The next segment tabulates the "overlap-weighted NAO bond order," as shown below: Atom-atom overlap-weighted NAO bond order: Atom 1 2 3 4 5 6 7 ---- ------ ------ ------ ------ ------ ------ ------ 1. C 0.0000 0.7815 0.7614 0.7633 0.7633 -0.0103 -0.0103 2. N 0.7815 0.0000 -0.0225 -0.0097 -0.0097 0.6688 0.6688 3. H 0.7614 -0.0225 0.0000 -0.0039 -0.0039 -0.0019 -0.0019 4. H 0.7633 -0.0097 -0.0039 0.0000 0.0024 0.0038 -0.0032 5. H 0.7633 -0.0097 -0.0039 0.0024 0.0000 -0.0032 0.0038 6. H -0.0103 0.6688 -0.0019 0.0038 -0.0032 0.0000 -0.0069 7. H -0.0103 0.6688 -0.0019 -0.0032 0.0038 -0.0069 0.0000 Atom-atom overlap-weighted NAO bond order, Totals by atom: Atom 1 ---- ------ 1. C 3.0488 2. N 2.0772 3. H 0.7273 4. H 0.7527 5. H 0.7527 6. H 0.6503 7. H 0.6503 This index corresponds to a sum of off-diagonal NAO density matrix elements between atoms, each multiplied by the corresponding PNAO overlap integral. 以上是计算CH3-NH2的一个例子，如果是一个简单的H2分子的键级用成键数减去反键数再除以2我还可以理解。现在有三个问题请教： 1，对这样一个多原子体系，得出的矩阵如何看键级？希望知道的大侠能给详细解释一下。 2，如果所有矩阵元的数都比1小很多能说明什么？键很弱吗？ 3，如果我计算的体系有一个单电子，那么计算出来的Wiberg bond index matrix有三项，分别是total，alpha，beta三项，我该怎么讨论？（alpha+beta）*2和total有什么区别？ 4，对上面输出文件的注释我也不是很懂，能否给俺解释一下？ 希望知道的虫子能给我详细解释一下。非常感谢！为了感谢虫子的热心，能够解决我这几个问题的可以赠送5个金币（我的金币也不多，不多送了）。不过我不会，麻烦版主帮忙吧。 |
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5楼2008-09-24 23:46:27
spkeey
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gromacs(金币+2,VIP+0):谢谢分享
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1 正交的即是相应的键级: （矩阵必是对角阵） 1C - 2N =0.9964 Atom 1 2 3 4 5 6 7 ---- ------ ------ ------ ------ ------ ------ ------ 1. C 0.0000 0.9964 0.9472 0.9394 0.9394 0.0020 0.0020 2. N 0.9964 0.0000 0.0208 0.0052 0.0052 0.8611 0.8611 3. H 0.9472 0.0208 0.0000 0.0004 0.0004 0.0002 0.0002 4. H 0.9394 0.0052 0.0004 0.0000 0.0009 0.0079 0.0005 5. H 0.9394 0.0052 0.0004 0.0009 0.0000 0.0005 0.0079 6. H 0.0020 0.8611 0.0002 0.0079 0.0005 0.0000 0.0003 7. H 0.0020 0.8611 0.0002 0.0005 0.0079 0.0003 0.0000 2 如果是共价键， 可以认为是，离子键在wibeger 键级上表现也比较小。但也能到0.？的程度，如果是0.0？， 0.00？ 就是认为很弱了。 3 还没有做过。 4 不懂， [ Last edited by spkeey on 2008-9-22 at 22:08 ] |
2楼2008-09-22 21:57:32
3楼2008-09-24 15:49:45
spkeey
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4楼2008-09-24 20:53:40
