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yuhuobuku

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】如何看键级？（金币奖励）

Wiberg bond index matrix in the NAO basis:                                      

    Atom    1       2       3       4       5       6       7
    ---- ------  ------  ------  ------  ------  ------  ------
  1.  C  0.0000  0.9964  0.9472  0.9394  0.9394  0.0020  0.0020
  2.  N  0.9964  0.0000  0.0208  0.0052  0.0052  0.8611  0.8611
  3.  H  0.9472  0.0208  0.0000  0.0004  0.0004  0.0002  0.0002
  4.  H  0.9394  0.0052  0.0004  0.0000  0.0009  0.0079  0.0005
  5.  H  0.9394  0.0052  0.0004  0.0009  0.0000  0.0005  0.0079
  6.  H  0.0020  0.8611  0.0002  0.0079  0.0005  0.0000  0.0003
  7.  H  0.0020  0.8611  0.0002  0.0005  0.0079  0.0003  0.0000


Wiberg bond index, Totals by atom:                                             

    Atom    1
    ---- ------
  1.  C  3.8265
  2.  N  2.7499
  3.  H  0.9691
  4.  H  0.9544
  5.  H  0.9544
  6.  H  0.8720
  7.  H  0.8720


This index is intrinsically a positive quantity, making no distinction between net bonding or antibonding character of the density matrix elements.
The next segment tabulates the "overlap-weighted NAO bond order," as shown below:
Atom-atom overlap-weighted NAO bond order:                                      

    Atom    1       2       3       4       5       6       7
    ---- ------  ------  ------  ------  ------  ------  ------
  1.  C  0.0000  0.7815  0.7614  0.7633  0.7633 -0.0103 -0.0103
  2.  N  0.7815  0.0000 -0.0225 -0.0097 -0.0097  0.6688  0.6688
  3.  H  0.7614 -0.0225  0.0000 -0.0039 -0.0039 -0.0019 -0.0019
  4.  H  0.7633 -0.0097 -0.0039  0.0000  0.0024  0.0038 -0.0032
  5.  H  0.7633 -0.0097 -0.0039  0.0024  0.0000 -0.0032  0.0038
  6.  H -0.0103  0.6688 -0.0019  0.0038 -0.0032  0.0000 -0.0069
  7.  H -0.0103  0.6688 -0.0019 -0.0032  0.0038 -0.0069  0.0000


Atom-atom overlap-weighted NAO bond order, Totals by atom:                     

    Atom    1
    ---- ------
  1.  C  3.0488
  2.  N  2.0772
  3.  H  0.7273
  4.  H  0.7527
  5.  H  0.7527
  6.  H  0.6503
  7.  H  0.6503
This index corresponds to a sum of off-diagonal NAO density matrix elements between atoms, each multiplied by the corresponding PNAO overlap integral.

以上是计算CH3-NH2的一个例子，如果是一个简单的H2分子的键级用成键数减去反键数再除以2我还可以理解。现在有三个问题请教：
1，对这样一个多原子体系，得出的矩阵如何看键级？希望知道的大侠能给详细解释一下。
2，如果所有矩阵元的数都比1小很多能说明什么？键很弱吗？
3，如果我计算的体系有一个单电子，那么计算出来的Wiberg bond index matrix有三项，分别是total，alpha，beta三项，我该怎么讨论？（alpha+beta）*2和total有什么区别？
4，对上面输出文件的注释我也不是很懂，能否给俺解释一下？

希望知道的虫子能给我详细解释一下。非常感谢！为了感谢虫子的热心，能够解决我这几个问题的可以赠送5个金币（我的金币也不多，不多送了）。不过我不会，麻烦版主帮忙吧。
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薄酒可以忘忧，丑妻可以白头，徐行不必驷马，称身不必狐裘平淡才是生活的主旋律
1楼 2008-09-22 21:01:11
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spkeey

金虫 (正式写手)
★ ★
gromacs(金币+2,VIP+0):谢谢分享
1 正交的即是相应的键级: （矩阵必是对角阵）
1C - 2N =0.9964

Atom    1           2         3         4           5         6         7
    ---- ------  ------  ------  ------  ------  ------  ------
  1.  C  0.0000  0.9964  0.9472  0.9394  0.9394  0.0020  0.0020
  2.  N  0.9964  0.0000  0.0208  0.0052  0.0052  0.8611  0.8611
  3.  H  0.9472  0.0208  0.0000  0.0004  0.0004  0.0002  0.0002
  4.  H  0.9394  0.0052  0.0004  0.0000  0.0009  0.0079  0.0005
  5.  H  0.9394  0.0052  0.0004  0.0009  0.0000  0.0005  0.0079
  6.  H  0.0020  0.8611  0.0002  0.0079  0.0005  0.0000  0.0003
  7.  H  0.0020  0.8611  0.0002  0.0005  0.0079  0.0003  0.0000

2 如果是共价键， 可以认为是，离子键在wibeger 键级上表现也比较小。但也能到0.？的程度，如果是0.0？， 0.00？ 就是认为很弱了。

3 还没有做过。

4 不懂，

[ Last edited by spkeey on 2008-9-22 at 22:08 ]
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SPKEEY
2楼2008-09-22 21:57:32
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lingchiyu

银虫 (小有名气)
请问楼主怎么计算键级呢
用什么命令呢
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3楼2008-09-24 15:49:45
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spkeey

金虫 (正式写手)
★
jghe(金币+1,VIP+0):谢谢参与讨论，欢迎常来计算版！
引用回帖:
Originally posted by lingchiyu at 2008-9-24 15:49:
请问楼主怎么计算键级呢
用什么命令呢

#字段： pop=NBORead

在分子XYZ 坐标后空一行输入：
$NBO BNDIDX $END
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SPKEEY
4楼2008-09-24 20:53:40
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lingchiyu

银虫 (小有名气)
我想得到分子的最高空轨道和最低 占有轨道 ，用什么命令呢？

另外，我总是麻烦你太不好意思了，能告诉我什么地方能找到这些命令，及相关的材料呢 ？
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5楼2008-09-24 23:46:27
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yuhuobuku

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by lingchiyu at 2008-9-24 23:46:
我想得到分子的最高空轨道和最低 占有轨道 ，用什么命令呢？

另外，我总是麻烦你太不好意思了，能告诉我什么地方能找到这些命令，及相关的材料呢 ？

如果只是得到5条HOMO和LUMO，用pop=reg，如果得到全部用pop=full，计算bond order 刚刚有人给你回答过了。这些命令要看高斯说明书的关键字population，就是pop。相关材料看文献就可以了，自己多查查。或者google不仅仅能google到文献还有很多其他资料。
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薄酒可以忘忧，丑妻可以白头，徐行不必驷马，称身不必狐裘平淡才是生活的主旋律
6楼2008-09-25 08:13:05
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yuhuobuku

木虫 (正式写手)
麻烦版主帮我转送 spkeey 5个金币吧。多谢了。
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薄酒可以忘忧，丑妻可以白头，徐行不必驷马，称身不必狐裘平淡才是生活的主旋律
7楼2008-09-25 08:16:52
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lingchiyu

银虫 (小有名气)
非常感谢 spkeey 和   yuhuobuku的热心帮助！
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8楼2008-09-25 08:39:48
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