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abbott金虫 (著名写手)
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G03 Cluster组建注意事项
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1 Gaussian的并行方式比较特别，在节点内部使用共享内存方式，而要跨节点并行的时候，它是用Linda的方式并行，如果只要用Gaussian，并不需要PVM，MPI这些并行环境的。 2 Cluster目前的方式很灵活。由于现在的单个节点内部的CPU可以达到4个核（普通ＰＣ即可，Intel Ｑ６６００之类的CPU。），对于商用的服务器可以达到８个核（2*Intel Xeon 5400系列CPU），对于Gaussian的计算我认为在8个核内并行的效率比较好，再多的CPU并行效率不高，跨节点间的并行效果更不好。 3 必须注意的是：对于Gaussian,它对IO的要求比较高，比如L913等post-HF计算，经常要在硬盘上存储积分文件，时间都耗费在IO系统上了。所以硬盘不仅是大小的问题，速度对计算也很有影响！提高硬盘速度是Gaussian的一个关键。也许通过RAID可以解决。 4 目前，我个人推荐的配置： 主节点： 如果用AMD的CPU，目前大多数性价比高的都是双核的，可以考虑多节点并行，（需要有带Linda的G03软件支持） 支持AMD ＣＰＵ的主板比较好选择，找些全集成的，如６９０Ｇ等，集成显卡，千兆网卡， 主板支持ＲＡＩＤ功能。 硬盘用１６０Ｇ×４做RAID０速度也很可观。 其它节点： 硬盘用一块２５０Ｇ就行。 千兆交换机一台，性能好些，稳定性高的。 ＫＶＭ，用于切换每个节点 或者也可考虑slave节点使用无盘系统。 通过Master的NFS共享，slave节点通过网络启动的方式，这样也可以节省很多资金的。只要假设一个比较好的磁盘阵列，接到Master Node上面就行了。 另外，关于硬件的架构，可以参考Microwulf的假设，不必购买那么多的机箱，浪费。 可以自己做个架子，买很多风扇挂上！ 哈哈！ 再一个，根据我个人使用的经验：高斯还是有很多的Link不能并行的，需要在Master上面单独计算，所以，个人认为，如果Master除了参与管理之外，还需要参与计算的话，那么最好Master的配置需要好一点，这样不能并行的link就能很快的结束，而不必浪费太多的时间。 对于操作系统而言，选一个最为简单的系统，只能提供基本的OS要素就可以了。 不要安装不必要的组建。 注意，我上面的一切配置中，都没考量任何安全因素。 个人假定，我的机器不链接公网，不链接任何网络。 只用我的laptop接入来提交作业和监视运行情况。 欢迎大家一起探讨。 abbott.cn@gmail.com (Jabber) |
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