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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » EMSA/ChIP » 染色质免疫共沉淀超声破碎摸索电泳图，望赐教
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落木778

铜虫 (小有名气)

[求助] 染色质免疫共沉淀超声破碎摸索电泳图，望赐教

最近在摸索chip超声破碎的条件，2000bp的marker，15的振幅，超10s停10s，全程在冰上操作，各位帮我分析分析，谢谢！

染色质免疫共沉淀超声破碎摸索电泳图，望赐教
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1楼 2015-12-09 17:58:47
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落木778

铜虫 (小有名气)
从左至右超声次数分别是10、15、20、25、30次
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2楼2015-12-09 18:00:12
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haooy111

禁虫 (正式写手)
本帖内容被屏蔽
3楼2015-12-17 20:07:18
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水母1992

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by haooy111 at 2015-12-17 20:07:18
明显没交联好

请问您说的没有交联好的依据是什么呢？是分子量小的位置出现了弥撒带吗？
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水母
4楼2016-05-05 10:41:31
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暖阳fyh

新虫 (初入文坛)
你好

发自小木虫Android客户端
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5楼2016-06-13 00:05:01
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暖阳fyh

新虫 (初入文坛)
振幅或超声次数小，DNA没被打断

发自小木虫Android客户端
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6楼2016-09-01 15:14:27
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土豆君

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 水母1992 at 2016-05-05 10:41:31
请问您说的没有交联好的依据是什么呢？是分子量小的位置出现了弥撒带吗？...

本来就应是一段弥散的条带
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爱基百客，提供专业级ChIP-seq、ATAC-seq、MeRIP-seq、RIP-seq等表观技术服务
7楼2016-09-08 09:23:11
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dyh107

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 土豆君 at 2016-09-08 09:23:11
本来就应是一段弥散的条带...

您好，请问您是否做过原核生物的chip呢？我现在在做沙门氏菌的一个转录调控基因，但是每次最后得到的DNA浓度都很低，而且会有酚污染情况，试了很多次都没有改善。不知道您能不能给些建议？
多谢！！
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8楼2017-03-30 21:32:15
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土豆君

银虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by dyh107 at 2017-03-30 21:32:15
您好，请问您是否做过原核生物的chip呢？我现在在做沙门氏菌的一个转录调控基因，但是每次最后得到的DNA浓度都很低，而且会有酚污染情况，试了很多次都没有改善。不知道您能不能给些建议？
多谢！！...

酚污染可能是纯化过程没清洗干净；
IP产物浓度低：加大细胞起始量试试；转录因子丰度低，交联时间延长一些试试；磁珠试试ProteinA/G复合磁珠

这都不是关键，主要是原核生物基因组小，后面分析会很困难，常规分析不了
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9楼2017-03-31 11:03:44
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