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落木778

铜虫 (小有名气)

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[求助] 染色质免疫共沉淀超声破碎摸索电泳图，望赐教

最近在摸索chip超声破碎的条件，2000bp的marker，15的振幅，超10s停10s，全程在冰上操作，各位帮我分析分析，谢谢！

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1楼 2015-12-09 17:58:47

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土豆君

银虫 (小有名气)

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4楼: Originally posted by 水母1992 at 2016-05-05 10:41:31
请问您说的没有交联好的依据是什么呢？是分子量小的位置出现了弥撒带吗？...

本来就应是一段弥散的条带

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爱基百客，提供专业级ChIP-seq、ATAC-seq、MeRIP-seq、RIP-seq等表观技术服务

7楼2016-09-08 09:23:11

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土豆君

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8楼: Originally posted by dyh107 at 2017-03-30 21:32:15
您好，请问您是否做过原核生物的chip呢？我现在在做沙门氏菌的一个转录调控基因，但是每次最后得到的DNA浓度都很低，而且会有酚污染情况，试了很多次都没有改善。不知道您能不能给些建议？
多谢！！...

酚污染可能是纯化过程没清洗干净；
IP产物浓度低：加大细胞起始量试试；转录因子丰度低，交联时间延长一些试试；磁珠试试ProteinA/G复合磁珠

这都不是关键，主要是原核生物基因组小，后面分析会很困难，常规分析不了

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爱基百客，提供专业级ChIP-seq、ATAC-seq、MeRIP-seq、RIP-seq等表观技术服务

9楼2017-03-31 11:03:44

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