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abbott金虫 (著名写手)
不要用QQ问我东西
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G03_Linda_Cluster
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声明，我是新手，以下的是我自己组建简单的用于G03并行的Cluster的记录。 或许对大家有用。高手就不用看了。呵呵。 首先说一下，我是出于业余尝试组件。 真正的计算当然不会用以下的硬件了。 PC Hardware CPU P4 2.0GHz RAM 256MB Disk 40GB 4200rpm OS Ubuntu Server 8.04, 只安装了基本系统，没有安装任何别的软件。只求速度快！安装系统8分钟。 网络设定： master 192.9.206.50 hostname:master slave 192.9.206.51 hostname:slave 必备软件：G03C02（自带Linda7.1）+openssh-server+vsftpd+csh+tcsh (仅仅是个简易的Cluster，所以没有安装NFS，NIS，但是我的Master slave机器使用的是同样的USR/PIN， 即UID GID相同， 用户主目录一致，同时G03安装路径一样。 1 OS install 其实字符模式安装还是挺爽的。 我承认我是个菜鸟，我使用的分区模式是： 1# 2GB swap 2# 8GB ext3 / 3# 31GB ext3 /home # 只有我一个人用，G03安装在/home/user/下面 2 安装必要软件 其中csh tcsh的deb包需要自己下载，大概google一下package ubuntu就有了。 sudo dpkg -i *.deb # 安装新的shell. sudo chsh -s /bin/csh user # 给用户user更改默认的shell. Gaussian 推荐在C下面配置g03路径。 当然也可以使用Bash，可是我在用Bash的时候，发现g03l配置有问题。 用下面的code安装openssh & vsftpd sudo apt-cdrom add # 把OS安装盘放在光驱 然后按照提示做。 sudo apt-get install openssh-server vsftpd G03C02安装。我们研究所购买的是binary的安装包。全部采用Gaussian主页的知道安装。注意，这里的安装最好在C shell下进行。按照下面的链接上的提示做！ 可以看这里：http://www.gaussian.com/g_tech/install_binary.htm % cd /home/user/g03 # 我g03 解压到了这个主目录 % ./bsd/install # 注意这里有个小点。 Users will want to add the following to their .login file: setenv g03root "/home/user" # 指定G03的主目录 setenv GAUSS_SCRDIR "/tem" #指定计算中的临时文件存放位置，如果不 定，G03 会自己指定。 source $g03root/g03/bsd/g03.login 或者你可以参考这个地址，获得更多的详细提示： http://www.uic.edu/depts/accc/hardware/argo-new/g03.html 注意这些东西： A .cshrc file (the leading period is mandatory as are the lowercase letters) in your home directory is required. If it doesn't exist, create it. cshrc Wrong: the leading period is missing .Cshrc Wrong: the letter c following the required leading period is a capital letter .cshrc Correct The file must include the following lines (type it EXACTLY as it appears below): setenv g03root "/usr/common" setenv GAUSS_SCRDIR "/tmp" source $g03root/g03/bsd/g03.login if (! ($?LD_LIBRARY_PATH)) then setenv LD_LIBRARY_PATH "/usr/common/g03" else setenv LD_LIBRARY_PATH $LD_LIBRARY_PATH":$g03root/g03" endif Warning: avoid using Windows/DOS utilities to cut and paste the above into your .cshrc file; it may add DOS-type carriage return/line feeds that are not the same as those in LINUX, thereby causing an error when you login. The permissions for the file should be 755: cd ; chmod 755 .cshrc About G03 Linda。 If you are using Linda for network/cluster parallel processing, then edit the .cshrc file on each node that will be used as a linda worker. It should contain the following lines: if (! ($?LD_LIBRARY_PATH)) then setenv LD_LIBRARY_PATH XXX endif where XXX should be replaced by the g03 directory. If $g03root is not set at this point, so the complete path (e.g. /home/software/g03) should be used. But the complete path is recommended. Please brose the web site bellow for more info: http://www.gaussian.com/g_tech/linda_use.htm About no-password ssh login. http://students.haverford.edu/ao ... ssword-less_SSH.pdf 需要注意的是，原文说的是root的无密码登录，只要把相应的路径更换成自己用的路径，就可以了。 如果你成功地做成了上述的东西，几乎就可以搞定了。 最后g03的并行，需要这个指令提交； g03l test.com & 更详尽的配置说明，我还在这里之中，需要的请联系 abbott.cn@gmail.com 我也是菜鸟，以上的配置有不太合理的地方，请大家指正！ 大家觉得有用，给个金币也行啊，本人新来乍到！ 提示： 由于自己以前没有什么基础。 刚刚在组建的机器上测试一个CIS计算作业。 g03l test.com &提交后， 在节点机能看到有l914.exel运行。并且CPU 内存都有不小的占用， 但是节点机上的l914.exel的运行时间要比主节点上的时间少，不知道是否正常？ 这个之前，测试过一个水分子的小计算， 单节点计算， 默认内存， 需要2min 并行两个节点，默认内存，需要47s. 由于我看到了这个时间差，而且我对比了两次得到的数据，只有小数点后面的最后一位有不一样的。 所以我认为，这个并行还是正常的。 由于，一天瞎忙，我上面贴的这个东西未免太简单了。 大家可以参考看看，如果有问题，可以邮件abbott.cn@gmail.com (Jabber) 交流。 希望共同提高。 配置过程中，如果懂点Linux基础，尤其是网路基础，会节省很多时间的。 还好我有一个Linux方面的朋友，随时给我提供技术支持。 [ Last edited by abbott on 2008-9-22 at 19:42 ] |
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