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abbott

金虫 (著名写手)

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[交流] G03_Linda_Cluster

声明，我是新手，以下的是我自己组建简单的用于G03并行的Cluster的记录。
或许对大家有用。高手就不用看了。呵呵。

首先说一下，我是出于业余尝试组件。真正的计算当然不会用以下的硬件了。

PC Hardware
CPU P4 2.0GHz  RAM 256MB Disk 40GB 4200rpm

OS Ubuntu Server 8.04, 只安装了基本系统，没有安装任何别的软件。只求速度快！安装系统8分钟。

网络设定：
         master 192.9.206.50 hostname:master
         slave 192.9.206.51 hostname:slave

必备软件：G03C02（自带Linda7.1）+openssh-server+vsftpd+csh+tcsh
         (仅仅是个简易的Cluster，所以没有安装NFS，NIS，但是我的Master slave机器使用的是同样的USR/PIN，即UID GID相同，用户主目录一致，同时G03安装路径一样。

1 OS install 其实字符模式安装还是挺爽的。
我承认我是个菜鸟，我使用的分区模式是：
1#    2GB swap
2#    8GB ext3    /
3#    31GB  ext3    /home       # 只有我一个人用，G03安装在/home/user/下面

2 安装必要软件
其中csh tcsh的deb包需要自己下载，大概google一下package ubuntu就有了。
sudo dpkg -i *.deb # 安装新的shell.
sudo chsh -s /bin/csh user # 给用户user更改默认的shell. Gaussian 推荐在C下面配置g03路径。当然也可以使用Bash，可是我在用Bash的时候，发现g03l配置有问题。
用下面的code安装openssh & vsftpd
sudo apt-cdrom add # 把OS安装盘放在光驱  然后按照提示做。
sudo apt-get install openssh-server vsftpd

G03C02安装。我们研究所购买的是binary的安装包。全部采用Gaussian主页的知道安装。注意，这里的安装最好在C shell下进行。按照下面的链接上的提示做！
可以看这里：http://www.gaussian.com/g_tech/install_binary.htm
% cd /home/user/g03 # 我g03 解压到了这个主目录
% ./bsd/install # 注意这里有个小点。
Users will want to add the following to their .login file:
setenv g03root "/home/user" # 指定G03的主目录
setenv GAUSS_SCRDIR "/tem" #指定计算中的临时文件存放位置，如果不          定，G03  会自己指定。
source $g03root/g03/bsd/g03.login

或者你可以参考这个地址，获得更多的详细提示：
http://www.uic.edu/depts/accc/hardware/argo-new/g03.html

注意这些东西：
   A .cshrc file (the leading period is mandatory as are the lowercase letters) in your home directory is required. If it doesn't exist, create it.
         cshrc Wrong:  the leading period is missing
         .Cshrc Wrong:  the letter c following the required leading period is a capital letter
         .cshrc Correct

   The file must include the following lines (type it EXACTLY as it appears below):

      setenv g03root "/usr/common"
      setenv GAUSS_SCRDIR "/tmp"
      source $g03root/g03/bsd/g03.login
      if (! ($?LD_LIBRARY_PATH)) then
      setenv LD_LIBRARY_PATH "/usr/common/g03"
      else
      setenv LD_LIBRARY_PATH $LD_LIBRARY_PATH":$g03root/g03"
      endif

   Warning: avoid using Windows/DOS utilities to cut and paste the above into your .cshrc file; it may add DOS-type carriage return/line feeds that
   are not the same as those in LINUX, thereby causing an error when you login.

   The permissions for the file should be 755:

      cd ; chmod 755 .cshrc


About G03 Linda。

 If you are using Linda for network/cluster parallel processing, then edit
the .cshrc file on each node that will be used as a linda worker. It should contain the following lines:

if (! ($?LD_LIBRARY_PATH)) then
setenv LD_LIBRARY_PATH XXX
endif

where XXX should be replaced by the g03 directory. If $g03root is not
set at this point, so the complete path (e.g. /home/software/g03) should be used. But the complete path is recommended.
Please brose the web site bellow for more info:
http://www.gaussian.com/g_tech/linda_use.htm

About no-password ssh login.

http://students.haverford.edu/ao ... ssword-less_SSH.pdf

需要注意的是，原文说的是root的无密码登录，只要把相应的路径更换成自己用的路径，就可以了。

如果你成功地做成了上述的东西，几乎就可以搞定了。

最后g03的并行，需要这个指令提交；
g03l test.com &

更详尽的配置说明，我还在这里之中，需要的请联系
abbott.cn@gmail.com

我也是菜鸟，以上的配置有不太合理的地方，请大家指正！

大家觉得有用，给个金币也行啊，本人新来乍到！

提示：
由于自己以前没有什么基础。刚刚在组建的机器上测试一个CIS计算作业。
g03l test.com &提交后，

在节点机能看到有l914.exel运行。并且CPU 内存都有不小的占用，
但是节点机上的l914.exel的运行时间要比主节点上的时间少，不知道是否正常？

这个之前，测试过一个水分子的小计算，
单节点计算，默认内存，需要2min
并行两个节点，默认内存，需要47s.
由于我看到了这个时间差，而且我对比了两次得到的数据，只有小数点后面的最后一位有不一样的。所以我认为，这个并行还是正常的。

由于，一天瞎忙，我上面贴的这个东西未免太简单了。

大家可以参考看看，如果有问题，可以邮件abbott.cn@gmail.com (Jabber) 交流。
希望共同提高。

配置过程中，如果懂点Linux基础，尤其是网路基础，会节省很多时间的。
还好我有一个Linux方面的朋友，随时给我提供技术支持。

[ Last edited by abbott on 2008-9-22 at 19:42 ]

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