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ruoqiu.xiao铁虫 (小有名气)
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[求助]
用DS对配体进行能量最小化，配体要不要预先加氢呢？
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从PDB里下载的配体sdf文件，是预先不加氢的(图1)； 用DS2.5，对图1不加氢状态下的配体sdf文件进行能量最小化，结果产生多个构象(比如其中一个构象是图2)，可以发现在能量最小化过程中，DS2.5对文件进行了自动加氢， 但是，在后续对接过程中，图2中的氨基实际上须要求为+1价(图3)； 如果在能量最小化之前，预先对sdf文件加氢为图3离子化状态，能量最小化后配体结构可能会出错(试他配体时发现过)； 不预先加氢的话，我担心得不到能量最低状态； 求助各位大神，此种情况下该怎么办，能量最小化之前要不要加氢   ？ 1.jpg  2.jpg  3.jpg |
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