| 查看: 1628 | 回复: 1 | ||
ruoqiu.xiao铁虫 (小有名气)
|
[求助]
用DS对配体进行能量最小化，配体要不要预先加氢呢？
|
|
从PDB里下载的配体sdf文件，是预先不加氢的(图1)； 用DS2.5，对图1不加氢状态下的配体sdf文件进行能量最小化，结果产生多个构象(比如其中一个构象是图2)，可以发现在能量最小化过程中，DS2.5对文件进行了自动加氢， 但是，在后续对接过程中，图2中的氨基实际上须要求为+1价(图3)； 如果在能量最小化之前，预先对sdf文件加氢为图3离子化状态，能量最小化后配体结构可能会出错(试他配体时发现过)； 不预先加氢的话，我担心得不到能量最低状态； 求助各位大神，此种情况下该怎么办，能量最小化之前要不要加氢   ？ 1.jpg  2.jpg  3.jpg |
回复此楼» 猜你喜欢
计算机、0854电子信息（085401-058412）调剂
已经有4人回复
-
基金申报
已经有3人回复
-
国自然申请面上模板最新2026版出了吗？
已经有9人回复
-
溴的反应液脱色
已经有6人回复
-
纳米粒子粒径的测量
已经有7人回复
-
常年博士招收(双一流，工科)
已经有4人回复
-
推荐一本书
已经有10人回复
-
参与限项
已经有5人回复
-
有没有人能给点建议
已经有5人回复
-
假如你的研究生提出不合理要求
已经有12人回复
2楼2017-02-20 22:14:58