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linnaliu

新虫 (小有名气)

[交流] 算了一天结构优化,竟然才走了12离子步

求助,如下图所示,这是我跑了一天的OUTCAR的时间表,不清楚为什么72个原子,竟然能跑那么久,但才走了12个离子步,求支招,算的太慢了,36核,进行TiO2(001)参杂Mn的结构优化,算的太慢了。

算了一天结构优化,竟然才走了12离子步


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cavediger

金虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
你这截图没提供啥信息,只能猜
1.是否跨节点?若是,走的是IB网还是千兆网?如果没有IB网,最好不要跨节点!有了IB网,还要有合适的MPI,像MPICH2之类的根本不支持IB网,最好换intelMPI
2.查看你作业的内存使用情况,如果内存占满且又使用了大量的SWAP,那基本没指望了,解决的办法要么加物理内存,要么降低计算精度,少取点k点,或降低cutoff
3.验证你编译的程序是否有问题
4.如果一个节点能算动的问题,最好别跨节点,VASP并不是计算核心越多就一定快
我们都老得太快,却聪明得太迟。当我一路跌跌撞撞登上山巅,蓦然发现,本来就有一条笔直的路,直达山顶....
5楼2015-12-06 22:25:33
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普通回帖

mzhyan

至尊木虫 (文坛精英)

blessing
2楼2015-12-06 21:24:08
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mlanqiang

木虫之王 (文学泰斗)

蓝博士

blessing
蓝精灵
3楼2015-12-06 21:26:12
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123dingyc

新虫 (知名作家)

4楼2015-12-06 21:34:34
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474029625

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
这个,什么都没有,怎么说呀。。
6楼2015-12-07 10:14:21
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7楼2015-12-07 10:43:40
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binarec

木虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
你可以看看标记为loop+的步粥,那些都占用了四五千秒的时间,看看是怎么回事

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8楼2015-12-07 14:58:47
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linnaliu

新虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by binarec at 2015-12-07 14:58:47
你可以看看标记为loop+的步粥,那些都占用了四五千秒的时间,看看是怎么回事

我该怎么去看那个loop+的步骤?是通过XD…那个文件看那一步的空间结构?

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9楼2015-12-08 00:35:08
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linnaliu

新虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by cavediger at 2015-12-06 22:25:33
你这截图没提供啥信息,只能猜
1.是否跨节点?若是,走的是IB网还是千兆网?如果没有IB网,最好不要跨节点!有了IB网,还要有合适的MPI,像MPICH2之类的根本不支持IB网,最好换intelMPI
2.查看你作业的内存使用情 ...

好像真的是节点的问题,服务器设置的是16核一个节点,我设NPAR=2,我又用了36核。是不是设核数的时候,要尽量把服务器的一个节点占满,会比较快啊

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10楼2015-12-08 00:38:12
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