24小时热门版块排行榜    

查看: 1948  |  回复: 5

yjhqdm

金虫 (小有名气)

[求助] lammps新手超简单程序疑问 已有3人参与

写了一个简单的Lammps程序,但是问题多多,实在无法解答,求助。
我上传了附件,求大侠下载试试!
文件在附件中,执行操作如下:
E:\lammps>lmp_win_no-mpi -in example.input
LAMMPS (12 Apr 2013)
Reading data file ...
  orthogonal box = (-2 -2 -2) to (2 2 2)
  1 by 1 by 1 MPI processor grid
ERROR: Unknown identifier in data file: 1 12.01 (../read_data.cpp:343)
提示在Masses的第一行时错了,好奇怪,求大侠解疑。。。新手。
我在data文件中写了Header了,还是错误。。。。哪位下载下来直接运行看看我哪里错了

Lammps程序为:
variable        vz index 10 20
log                log_${vz}.txt
units                metal
dimension        3
boundary        f p s
atom_style        atomic
read_data        example.data
pair_style        tersoff
pair_coeff        * * SiCGe.tersoff C C C
group                a id == 1 3 5
group                 1 id == 2 4 6
group                 a1 union a 1
neighbor        2.0 bin
neigh_modify        delay 0
minimize        1.0e-6 1.0e-6 1000 1000
fix                 1 all nve
thermo                100
compute                1 all temp
compute                2 all ke/atom
compute         3 all pe/atom
variable        et atom c_2[]+c_3[]
fix                2 all ave/time 1 1 10 c_1 file temp_${vz}.dat
dump                1 all xyz 100 config_${vz}.dat
dump                2 all custom 100 etotal_${vz}.dat v_et
velocity all create 400.0 273237 units box
run                1000
clear
next                vz
jump                example.input

example.dat文件为:
LAMMPS data file

6 atoms

3 atoms types

-2 2 xlo xhi
-2 2 ylo yhi
-2 2 zlo zhi

Masses

1 12.01
2 12.01
3 12.01

Atoms

1 1  1.000000 0.000000 0.000000
2 2  0.500000 0.866025 0.000000
3 3 -0.500000 0.866025 0.000000
4 3 -1.000000 0.000000 0.000000
5 2 -0.500000 -0.866025 0.000000
6 1  0.500000 -0.866025 0.000000

以上data文件我写了Header了。
回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈:小木虫仅提供交流平台,不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布,如果其内容涉及到知识产权问题,其责任在于用户本人,如对版权有异议,请联系邮箱:xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : example.input
  • 2015-12-03 22:04:00, 686 bytes
  • 附件 2 : example.data
  • 2015-12-03 22:04:05, 342 bytes

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

luftf

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
6 atoms

3 atoms types

之间貌似不能空一行,你试试看
data文件的格式很死板,多一个空格少一个空格有时候都不行
还有检查一下中文空格
2楼2015-12-04 19:52:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tang_wei

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

好像不应该是atoms types ,atoms后面不要加复数 。这是我写的例子,你比较看看
http://pan.baidu.com/s/1mgVmumc
3楼2015-12-07 11:14:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

leisuredeng

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

ERROR: Unknown identifier in data file: 1 12.01 (../read_data.cpp:343)
提示在Masses的第一行时错了,好奇怪,求大侠解疑。。。新手。
lammps明显提示mass这里出错了,检查下格式...

发自小木虫IOS客户端
4楼2015-12-07 12:35:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tang_wei

金虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by leisuredeng at 2015-12-07 12:35:08
ERROR: Unknown identifier in data file: 1 12.01 (../read_data.cpp:343)
提示在Masses的第一行时错了,好奇怪,求大侠解疑。。。新手。
lammps明显提示mass这里出错了,检查下格式...
...

因为你在设置 atom  types 格式时就错了,软件不知道有几种原子,所以你在设定原子质量时会报错,你把 atoms 的s去掉,就会发现读取data没问题了,但是他的in文件还是有一处错误,自己尝试下
5楼2015-12-07 16:15:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

leisuredeng

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by tang_wei at 2015-12-07 16:15:26
因为你在设置 atom  types 格式时就错了,软件不知道有几种原子,所以你在设定原子质量时会报错,你把 atoms 的s去掉,就会发现读取data没问题了,但是他的in文件还是有一处错误,自己尝试下...

同意,好像以前遇到过类似问题,后来写了个程序直接生成这些文件,然后稍微改改就好了。

发自小木虫IOS客户端
6楼2015-12-07 23:27:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 yjhqdm 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 E4V9bALS54sj 2026-09-19 3/150 2026-09-20 01:39 by 9i7PCSZyMzot
[论文投稿] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 E4V9bALS54sj 2026-09-19 3/150 2026-09-20 01:27 by 9i7PCSZyMzot
[硕博家园] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 E4V9bALS54sj 2026-09-19 3/150 2026-09-20 01:27 by 9i7PCSZyMzot
[博后之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 E4V9bALS54sj 2026-09-19 3/150 2026-09-20 01:15 by 9i7PCSZyMzot
[考博] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 E4V9bALS54sj 2026-09-19 3/150 2026-09-20 01:03 by 9i7PCSZyMzot
[论文投稿] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 E4V9bALS54sj 2026-09-19 3/150 2026-09-20 00:51 by 9i7PCSZyMzot
[考研] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 4pRyVGCVerAA 2026-09-19 3/150 2026-09-20 00:15 by 9i7PCSZyMzot
[硕博家园] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 4pRyVGCVerAA 2026-09-19 3/150 2026-09-20 00:03 by 9i7PCSZyMzot
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 4pRyVGCVerAA 2026-09-19 4/200 2026-09-19 23:51 by 9i7PCSZyMzot
[基金申请] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 4pRyVGCVerAA 2026-09-19 4/200 2026-09-19 23:39 by 9i7PCSZyMzot
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 4pRyVGCVerAA 2026-09-19 4/200 2026-09-19 23:27 by 9i7PCSZyMzot
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 4pRyVGCVerAA 2026-09-19 4/200 2026-09-19 23:27 by 9i7PCSZyMzot
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 4pRyVGCVerAA 2026-09-19 4/200 2026-09-19 23:03 by 9i7PCSZyMzot
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 4pRyVGCVerAA 2026-09-19 4/200 2026-09-19 23:03 by 9i7PCSZyMzot
[公派出国] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 4pRyVGCVerAA 2026-09-18 7/350 2026-09-19 21:03 by 9i7PCSZyMzot
[教师之家] 现代”学阀”该如何界定 +3 iaeyuan 2026-09-19 3/150 2026-09-19 20:52 by 没昵称呀
[考博] 申博发邮件 +8 Lmengk 2026-09-15 9/450 2026-09-19 09:27 by 中间体超市
[有机交流] 各位大神,目前国内有哪些比较好用的逆合成软件? 20+3 zapen 2026-09-15 9/450 2026-09-18 18:17 by zapen
[考博] 上海工程技术大学激光智能制造课题组|2027级博士研究生招生公告 +7 水士口 2026-09-16 8/400 2026-09-16 13:47 by kkklens
[考博] 上海工程技术大学激光智能制造课题组招收博士研究生 +8 两三岁ss 2026-09-14 8/400 2026-09-16 09:46 by 水士口
信息提示
请填处理意见