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yjhqdm

金虫 (小有名气)

[求助] lammps新手超简单程序疑问 已有3人参与

写了一个简单的Lammps程序,但是问题多多,实在无法解答,求助。
我上传了附件,求大侠下载试试!
文件在附件中,执行操作如下:
E:\lammps>lmp_win_no-mpi -in example.input
LAMMPS (12 Apr 2013)
Reading data file ...
  orthogonal box = (-2 -2 -2) to (2 2 2)
  1 by 1 by 1 MPI processor grid
ERROR: Unknown identifier in data file: 1 12.01 (../read_data.cpp:343)
提示在Masses的第一行时错了,好奇怪,求大侠解疑。。。新手。
我在data文件中写了Header了,还是错误。。。。哪位下载下来直接运行看看我哪里错了

Lammps程序为:
variable        vz index 10 20
log                log_${vz}.txt
units                metal
dimension        3
boundary        f p s
atom_style        atomic
read_data        example.data
pair_style        tersoff
pair_coeff        * * SiCGe.tersoff C C C
group                a id == 1 3 5
group                 1 id == 2 4 6
group                 a1 union a 1
neighbor        2.0 bin
neigh_modify        delay 0
minimize        1.0e-6 1.0e-6 1000 1000
fix                 1 all nve
thermo                100
compute                1 all temp
compute                2 all ke/atom
compute         3 all pe/atom
variable        et atom c_2[]+c_3[]
fix                2 all ave/time 1 1 10 c_1 file temp_${vz}.dat
dump                1 all xyz 100 config_${vz}.dat
dump                2 all custom 100 etotal_${vz}.dat v_et
velocity all create 400.0 273237 units box
run                1000
clear
next                vz
jump                example.input

example.dat文件为:
LAMMPS data file

6 atoms

3 atoms types

-2 2 xlo xhi
-2 2 ylo yhi
-2 2 zlo zhi

Masses

1 12.01
2 12.01
3 12.01

Atoms

1 1  1.000000 0.000000 0.000000
2 2  0.500000 0.866025 0.000000
3 3 -0.500000 0.866025 0.000000
4 3 -1.000000 0.000000 0.000000
5 2 -0.500000 -0.866025 0.000000
6 1  0.500000 -0.866025 0.000000

以上data文件我写了Header了。
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  • 附件 1 : example.input
  • 2015-12-03 22:04:00, 686 bytes
  • 附件 2 : example.data
  • 2015-12-03 22:04:05, 342 bytes

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luftf

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
6 atoms

3 atoms types

之间貌似不能空一行,你试试看
data文件的格式很死板,多一个空格少一个空格有时候都不行
还有检查一下中文空格
2楼2015-12-04 19:52:20
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tang_wei

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

好像不应该是atoms types ,atoms后面不要加复数 。这是我写的例子,你比较看看
http://pan.baidu.com/s/1mgVmumc
3楼2015-12-07 11:14:23
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leisuredeng

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

ERROR: Unknown identifier in data file: 1 12.01 (../read_data.cpp:343)
提示在Masses的第一行时错了,好奇怪,求大侠解疑。。。新手。
lammps明显提示mass这里出错了,检查下格式...

发自小木虫IOS客户端
4楼2015-12-07 12:35:08
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tang_wei

金虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by leisuredeng at 2015-12-07 12:35:08
ERROR: Unknown identifier in data file: 1 12.01 (../read_data.cpp:343)
提示在Masses的第一行时错了,好奇怪,求大侠解疑。。。新手。
lammps明显提示mass这里出错了,检查下格式...
...

因为你在设置 atom  types 格式时就错了,软件不知道有几种原子,所以你在设定原子质量时会报错,你把 atoms 的s去掉,就会发现读取data没问题了,但是他的in文件还是有一处错误,自己尝试下
5楼2015-12-07 16:15:26
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leisuredeng

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by tang_wei at 2015-12-07 16:15:26
因为你在设置 atom  types 格式时就错了,软件不知道有几种原子,所以你在设定原子质量时会报错,你把 atoms 的s去掉,就会发现读取data没问题了,但是他的in文件还是有一处错误,自己尝试下...

同意,好像以前遇到过类似问题,后来写了个程序直接生成这些文件,然后稍微改改就好了。

发自小木虫IOS客户端
6楼2015-12-07 23:27:36
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