24小时热门版块排行榜    

查看: 1697  |  回复: 5
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

yjhqdm

金虫 (小有名气)

[求助] lammps新手超简单程序疑问 已有3人参与

写了一个简单的Lammps程序,但是问题多多,实在无法解答,求助。
我上传了附件,求大侠下载试试!
文件在附件中,执行操作如下:
E:\lammps>lmp_win_no-mpi -in example.input
LAMMPS (12 Apr 2013)
Reading data file ...
  orthogonal box = (-2 -2 -2) to (2 2 2)
  1 by 1 by 1 MPI processor grid
ERROR: Unknown identifier in data file: 1 12.01 (../read_data.cpp:343)
提示在Masses的第一行时错了,好奇怪,求大侠解疑。。。新手。
我在data文件中写了Header了,还是错误。。。。哪位下载下来直接运行看看我哪里错了

Lammps程序为:
variable        vz index 10 20
log                log_${vz}.txt
units                metal
dimension        3
boundary        f p s
atom_style        atomic
read_data        example.data
pair_style        tersoff
pair_coeff        * * SiCGe.tersoff C C C
group                a id == 1 3 5
group                 1 id == 2 4 6
group                 a1 union a 1
neighbor        2.0 bin
neigh_modify        delay 0
minimize        1.0e-6 1.0e-6 1000 1000
fix                 1 all nve
thermo                100
compute                1 all temp
compute                2 all ke/atom
compute         3 all pe/atom
variable        et atom c_2[]+c_3[]
fix                2 all ave/time 1 1 10 c_1 file temp_${vz}.dat
dump                1 all xyz 100 config_${vz}.dat
dump                2 all custom 100 etotal_${vz}.dat v_et
velocity all create 400.0 273237 units box
run                1000
clear
next                vz
jump                example.input

example.dat文件为:
LAMMPS data file

6 atoms

3 atoms types

-2 2 xlo xhi
-2 2 ylo yhi
-2 2 zlo zhi

Masses

1 12.01
2 12.01
3 12.01

Atoms

1 1  1.000000 0.000000 0.000000
2 2  0.500000 0.866025 0.000000
3 3 -0.500000 0.866025 0.000000
4 3 -1.000000 0.000000 0.000000
5 2 -0.500000 -0.866025 0.000000
6 1  0.500000 -0.866025 0.000000

以上data文件我写了Header了。
回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈:小木虫仅提供交流平台,不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布,如果其内容涉及到知识产权问题,其责任在于用户本人,如对版权有异议,请联系邮箱:xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : example.input
  • 2015-12-03 22:04:00, 686 bytes
  • 附件 2 : example.data
  • 2015-12-03 22:04:05, 342 bytes

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tang_wei

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

好像不应该是atoms types ,atoms后面不要加复数 。这是我写的例子,你比较看看
http://pan.baidu.com/s/1mgVmumc
3楼2015-12-07 11:14:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答

luftf

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
6 atoms

3 atoms types

之间貌似不能空一行,你试试看
data文件的格式很死板,多一个空格少一个空格有时候都不行
还有检查一下中文空格
2楼2015-12-04 19:52:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

leisuredeng

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

ERROR: Unknown identifier in data file: 1 12.01 (../read_data.cpp:343)
提示在Masses的第一行时错了,好奇怪,求大侠解疑。。。新手。
lammps明显提示mass这里出错了,检查下格式...

发自小木虫IOS客户端
4楼2015-12-07 12:35:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tang_wei

金虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by leisuredeng at 2015-12-07 12:35:08
ERROR: Unknown identifier in data file: 1 12.01 (../read_data.cpp:343)
提示在Masses的第一行时错了,好奇怪,求大侠解疑。。。新手。
lammps明显提示mass这里出错了,检查下格式...
...

因为你在设置 atom  types 格式时就错了,软件不知道有几种原子,所以你在设定原子质量时会报错,你把 atoms 的s去掉,就会发现读取data没问题了,但是他的in文件还是有一处错误,自己尝试下
5楼2015-12-07 16:15:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿中南化学(0703)总分337求调剂 +9 niko- 2026-03-19 10/500 2026-03-22 16:08 by ColorlessPI
[考研] 298求调剂一志愿211 +3 上岸6666@ 2026-03-20 3/150 2026-03-22 15:50 by ColorlessPI
[考研] 材料与化工(0856)304求B区调剂 +3 邱gl 2026-03-20 7/350 2026-03-21 19:05 by 15709483992
[考研] 一志愿深大,0703化学,总分302,求调剂 +4 七月-七七 2026-03-21 4/200 2026-03-21 18:20 by 学员8dgXkO
[考研] 336求调剂 +5 rmc8866 2026-03-21 5/250 2026-03-21 17:24 by 学员8dgXkO
[考研] 求调剂 +3 白QF 2026-03-21 3/150 2026-03-21 13:12 by zhukairuo
[考研] 346求调剂[0856] +4 WayneLim327 2026-03-16 7/350 2026-03-21 04:02 by JourneyLucky
[考研] 机械专硕299求调剂至材料 +3 kkcoco25 2026-03-16 4/200 2026-03-21 03:52 by JourneyLucky
[考研] 一志愿天津大学化学工艺专业(081702)315分求调剂 +12 yangfz 2026-03-17 12/600 2026-03-21 03:30 by JourneyLucky
[考研] 301求调剂 +10 yy要上岸呀 2026-03-17 10/500 2026-03-21 03:14 by JourneyLucky
[考研] 化学求调剂 +4 临泽境llllll 2026-03-17 5/250 2026-03-21 02:23 by JourneyLucky
[考研] 271材料工程求调剂 +8 .6lL 2026-03-18 8/400 2026-03-21 00:58 by JourneyLucky
[考研] 304求调剂 +6 曼殊2266 2026-03-18 6/300 2026-03-21 00:32 by JourneyLucky
[考研] 295求调剂 +4 一志愿京区211 2026-03-18 6/300 2026-03-20 23:41 by JourneyLucky
[考研] 321求调剂 +9 何润采123 2026-03-18 11/550 2026-03-20 23:19 by JourneyLucky
[考研] 材料与化工专硕调剂 +7 heming3743 2026-03-16 7/350 2026-03-20 19:31 by zhukairuo
[考研] 环境工程调剂 +9 大可digkids 2026-03-16 9/450 2026-03-20 17:38 by 醉在风里
[考研] 一志愿中国海洋大学,生物学,301分,求调剂 +5 1孙悟空 2026-03-17 6/300 2026-03-19 23:46 by zcl123
[考研] 【同济软件】软件(085405)考研求调剂 +3 2026eternal 2026-03-18 3/150 2026-03-18 19:09 by 搏击518
[考研] 275求调剂 +4 太阳花天天开心 2026-03-16 4/200 2026-03-17 10:53 by 功夫疯狂
信息提示
请填处理意见